アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスおよび関連生物体に由来する好熱性および好熱好酸性バイオポリマー分解遺伝子および酵素、方法

专利摘要:
アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスから単離および／または精製されたポリペプチドならびに単離および／または精製されたアリサイクロバチルス・アシドカルダリウス由来ポリペプチドをコードする核酸配列を提供する。アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスから単離および／または精製されたポリペプチド、ならびに単離および／または精製されたアリサイクロバチルス・アシドカルダリウス由来のポリペプチドをコードする核酸配列を使用して、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−、グルカン−、ガラクタン、またはマンナン−装飾基を少なくとも部分的に分解、開裂、または除去する方法をさらに提供する。なし
公开号:JP2011510657A
申请号:JP2010545136
申请日:2009-01-29
公开日:2011-04-07
发明作者:アペル，ウィリアム・エイ；トンプソン，ヴィッキ・エス；トンプソン，デーヴィッド・エヌ；ヘンリクセン，エミリー・ディー；リード，デーヴィッド・ダブリュー；レイシー，ジェフリー・エイ
申请人:バテル エナジー アライアンス，エルエルシー；
IPC主号:C12N15-09

专利说明:

[0001] 優先権主張
本願は、２００８年１月３１日出願の米国暫定特許出願第６１／０２５，１３６号「ＴＨＥＲＭＯＰＨＩＬＩＣ ＡＮＤ ＴＨＥＲＭＯＡＣＩＤＯＰＨＩＬＩＣ ＢＩＯＰＯＬＹＭＥＲ−ＤＥＧＲＡＤＩＮＧ ＧＥＮＥＳＡＮＤ ＥＮＺＹＭＥＳ ＦＲＯＭ ＡＬＩＣＹＣＬＯＢＡＣＩＬＬＵＳ ＡＣＩＤＯＣＡＬＤＡＲＩＵＳ ＡＮＤ ＲＥＬＡＴＥＤ ＯＲＧＡＮＩＳＭＳ， ＭＥＴＨＯＤＳ」の利益および優先権を主張し、該出願は、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる。]
[0002] 政府の権利
米国政府は、米国エネルギー省（Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｅｎｅｒｇｙ）とＢａｔｔｅｌｌｅ Ｅｎｅｒｇｙ Ａｌｌｉａｎｃｅ，ＬＬＣとの間の契約番号ＤＥ−ＡＣ０７−０５ＩＤ１４５１７に従って、本発明において一定の権利を有する。]
[0003] 技術分野
本発明は、概して、バイオテクノロジーに関する。より具体的には、本発明は、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスから単離および／または精製されたポリペプチドならびに単離および／または精製されたアリサイクロバチルス・アシドカルダリウス由来ポリペプチドをコードする核酸配列、ならびにそれらの使用のための方法に関する。]
背景技術

[0004] リグノセルロース物質からヘミセルロースを除去するための希酸加水分解は、リグノセルロースのための最も発展した前処理技術の１つであって、かなり高収率のキシロース（７５〜９０％）をもたらすため、現在、好まれている（Ｈｅｍｅｌｉｎｃｋ ｅｔ ａｌ．，２００５）。典型的に使用される条件は、０．１乃至１．５％硫酸および温度１６０℃を超える温度である。高温の使用は、その後の微生物発酵を抑制する有意水準の熱分解産物をもたらす（Ｌａｖａｒａｃｋ ｅｔ ａｌ．，２００２）。高温加水分解は、昇温時に酸の腐食性が高まるため、化学反応炉構造内に加圧システム、蒸気発生、および耐食性物質を必要とする。]
[0005] 低温酸加水分解が上述の欠点のいくつかを克服する潜在性を有するため、低温酸加水分解が着目されている（Ｔｓａｏ ｅｔ ａｌ．，１９８７）。９０％ヘミセルロースは、８０〜１００℃の温度範囲における酸処理の数時間以内に、オリゴマーとして溶解可能であることが示されている。また、低温酸加水分解において産生された糖が、フルフラール分解産物への検出可能分解を伴わずに、少なくとも２４時間の間、同条件下、安定することも示されている。最終的に、前処理で典型的に使用される硫酸は、より低温においてそれほど腐食性ではない。より低温での酸前処理の使用は、容認可能レベルの加水分解を達成するために、はるかに長い反応時間を必要とする。９０％ヘミセルロースの可溶化が明らかにされているが（Ｔｓａｏ，１９８７）、糖の大部分は、オリゴマーの形態であって、モノマーの形態ではない。その後の発酵ステップで現在好まれる生物体は、糖オリゴマーを利用不可能であって（Ｇａｒｒｏｔｅ ｅｔ ａｌ．，２００１）、オリゴマー含有加水分解物は、通常、第２の酸またはアルカリ加水分解ステップとして、モノマーに対してさらなる処理を必要とする（Ｇａｒｒｏｔｅ ｅｔ ａｌ．，２００１）。]
[0006] 他の酸性前処理方法として、自動加水分解および温水洗浄を含む。自動加水分解では、バイオマスは、高温（約２００℃）の蒸気で処理され、その高温は酸加水分解における硫酸と類似の様式で機能する酢酸を産生するために、ヘミセルロースに付随するアセチル側鎖を開裂する。酢酸は硫酸よりもはるかに弱性であるため、希酸加水分解と比較してより高い前処理温度が必要とされる。摂氏２４０度を下回ると、ヘミセルロースは、糖モノマーに完全に加水分解されず、高レベルのオリゴマーを有する（Ｇａｒｒｏｔｅ ｅｔ ａｌ．，２００１）。温水洗浄では、バイオマスは、昇温１６０〜２２０℃の水（圧力下）と接触する。本プロセスは、９０％を超えて存在するヘミセルロースを効果的に加水分解可能であって、可溶化ヘミセルロースは、典型的には、オリゴマーの形態で９５％を上回る（Ｌｉｕ ａｎｄ Ｗｙｍａｎ，２００３）。]
[0007] 本発明の実施形態は、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスのゲノムの精製および／または単離されたヌクレオチド配列、またはその相同体、あるいは断片に関する。本発明の一実施形態では、ヌクレオチド配列は、配列番号１、１８、３５、５１、６８、８５、１０１、１１８、１３５、１５２、１６７、１８４、２０１、２１８、２３５、２５２、２６９、２８６、３０３、３２０、３３６、３５３、３７０、３８７、４０４、４２１、４３８、４５５、４５７、４５９、４６１、４６３、またはその相同体もしくは断片から選択される。本発明の別の実施形態では、該相同体は、配列番号１、１８、５１、６８、８５、１０１、１１８、１３５、１５２、１６７、１８４、２０１、２１８、２３５、２５２、２６９、２８６、３０３、３２０、３３６、３５３、３７０、３８７、４０４、４２１、または４３８に対して少なくとも８０％の配列同一性、配列番号４６１に対して少なくとも９３％の配列同一性、配列番号３５に対して少なくとも９４％の配列同一性、配列番号４５９に対して少なくとも９６％の配列同一性、配列番号４６３に対して少なくとも９９％の配列同一性、配列番号４５７に対して少なくとも９９．６％の配列同一性、ならびに配列番号４５５に対して少なくとも９９．７％の配列同一性を有するヌクレオチド配列から成る群より選択される。]
[0008] さらに、本発明の実施形態は、配列番号２、１９、５２、６９、８６、１０２、１１９、１３６、１５３、１６８、１８５、２０２、２１９、２３６、２５３、２７０、２８７、３０４、３２１、３３７、３５４、３７１、３８８、４０５、４２２、または４３９に対して少なくとも９０％の配列同一性、配列番号４６２に対して少なくとも９３％の配列同一性、配列番号３６に対して少なくとも９４％の配列同一性、配列番号４６０に対して少なくとも９６％の配列同一性、配列番号４６４に対して少なくとも９９％の配列同一性、配列番号４５８に対して少なくとも９９．６％の配列同一性、ならびに配列番号４５６に対して少なくとも９９．７％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択されるポリペプチドをコードする核酸配列を含む、単離および／または精製された核酸配列に関してもよい。]
[0009] また、本発明の実施形態は、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスのゲノムのヌクレオチド配列、またはその相同体、あるいは断片によってコードされる単離および／または精製されたポリペプチドに関する。一実施形態では、該ヌクレオチド配列は、配列番号１、１８、５１、６８、８５、１０１、１１８、１３５、１５２、１６７、１８４、２０１、２１８、２３５、２５２、２６９、２８６、３０３、３２０、３３６、３５３、３７０、３８７、４０４、４２１、または４３８に対して少なくとも８０％の配列同一性、配列番号４６１に対して少なくとも９３％の配列同一性、配列番号３５に対して少なくとも９４％の配列同一性、配列番号４５９に対して少なくとも９６％の配列同一性、配列番号４６３に対して少なくとも９９％の配列同一性、配列番号４５７に対して少なくとも９９．６％の配列同一性、ならびに配列番号４５５に対して少なくとも９９．７％の配列同一性を有するヌクレオチド配列から成る群より選択される。]
[0010] 本発明の別の実施形態では、該ヌクレオチド配列は、配列番号１、１８、３５、５１、６８、８５、１０１、１１８、１３５、１５２、１６７、１８４、２０１、２１８、２３５、２５２、２６９、２８６、３０３、３２０、３３６、３５３、３７０、３８７、４０４、４２１、４３８、４５５、４５７、４５９、４６１、４６３、またはそれらの相同体もしくは断片から選択される。さらに別の実施形態では、該ポリペプチドは、配列番号２、１９、５２、６９、８６、１０２、１１９、１３６、１５３、１６８、１８５、２０２、２１９、２３６、２５３、２７０、２８７、３０４、３２１、３３７、３５４、３７１、３８８、４０５、４２２、４３９、４５６、４５８、４６０、４６２、または４６４のアミノ酸配列を有する。さらに別の実施形態では、該ポリペプチドは、配列番号２、１９、５２、６９、８６、１０２、１１９、１３６、１５３、１６８、１８５、２０２、２１９、２３６、２５３、２７０、２８７、３０４、３２１、３３７、３５４、３７１、３８８、４０５、４２２、または４３９に対して少なくとも９０％の配列同一性、配列番号４６２に対して少なくとも９３％の配列同一性、配列番号３６に対して少なくとも９４％の配列同一性、配列番号４６０に対して少なくとも９６％の配列同一性、配列番号４６４に対して少なくとも９９％の配列同一性、配列番号４５８に対して少なくとも９９．６％の配列同一性、ならびに配列番号４５６に対して少なくとも９９．７％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択される。]
[0011] 本発明の実施形態では、該ポリペプチドは、好酸性および／または好熱性であってもよい。さらなる実施形態では、該ポリペプチドは、グリコシル化、ペグ化、および／または別様に翻訳後に修飾されてもよい。]
[0012] 本発明の実施形態は、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基を少なくとも部分的に分解、開裂、または除去する方法を含む。そのような方法は、配列番号２、１９、５２、６９、８６、１０２、１１９、１３６、１５３、１６８、１８５、２０２、２１９、２３６、２５３、２７０、２８７、３０４、３２１、３３７、３５４、３７１、３８８、４０５、４２２、または４３９に対して少なくとも９０％の配列同一性、配列番号４６２に対して少なくとも９３％の配列同一性、配列番号３６に対して少なくとも９４％の配列同一性、配列番号４６０に対して少なくとも９６％の配列同一性、配列番号４６４に対して少なくとも９９％の配列同一性、配列番号４５８に対して少なくとも９９．６％の配列同一性、ならびに配列番号４５６に対して少なくとも９９．７％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択されるポリペプチドを、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基と流体接触させるステップを含んでもよい。]
[0013] 本発明のこれらおよび他の態様は、本明細書に含有される教示に照らして、当業者に明白となる。]
図面の簡単な説明

[0014] 配列番号２（ＲＡＡＣ００１６９）と、α−βヒドロラーゼスーパーファミリーのエステラーゼと、ｇｉ：１２１５３３８１５、ｇｉ：８９０９９５８２、ｇｉ：１６０７８５６８、ｇｉ：１５６１５１５０、およびｇｉ：１２４５２４３４４（それぞれ、配列番号３〜７）（全てα−βヒドロラーゼスーパーファミリーのエステラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号２（ＲＡＡＣ００１６９）と、α−βヒドロラーゼスーパーファミリーのエステラーゼと、ｇｉ：１２１５３３８１５、ｇｉ：８９０９９５８２、ｇｉ：１６０７８５６８、ｇｉ：１５６１５１５０、およびｇｉ：１２４５２４３４４（それぞれ、配列番号３〜７）（全てα−βヒドロラーゼスーパーファミリーのエステラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号１９（ＲＡＡＣ００５０１）と、αβヒドロラーゼと、ｇｉ：１２５９７４６９９、ｇｉ：１５６１３８７１、ｇｉ：５４５７６９６、ｇｉ：１４５２０４８１、およびｇｉ：４０７４４２３３（それぞれ、配列番号２０〜２４）（全てαβヒドロラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号１９（ＲＡＡＣ００５０１）と、αβヒドロラーゼと、ｇｉ：１２５９７４６９９、ｇｉ：１５６１３８７１、ｇｉ：５４５７６９６、ｇｉ：１４５２０４８１、およびｇｉ：４０７４４２３３（それぞれ、配列番号２０〜２４）（全てαβヒドロラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号３６（ＲＡＡＣ００５６８）と、α−グルコシダーゼと、ｇｉ：６６８６５６７、ｇｉ：４５８６４１８、ｇｉ｜８９０９８０５１、およびｇｉ｜１１４８４４７１７（それぞれ、配列番号３７〜４０）（全てα−グルコシダーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号３６（ＲＡＡＣ００５６８）と、α−グルコシダーゼと、ｇｉ：６６８６５６７、ｇｉ：４５８６４１８、ｇｉ｜８９０９８０５１、およびｇｉ｜１１４８４４７１７（それぞれ、配列番号３７〜４０）（全てα−グルコシダーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号３６（ＲＡＡＣ００５６８）と、α−グルコシダーゼと、ｇｉ：６６８６５６７、ｇｉ：４５８６４１８、ｇｉ｜８９０９８０５１、およびｇｉ｜１１４８４４７１７（それぞれ、配列番号３７〜４０）（全てα−グルコシダーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号５２（ＲＡＡＣ００５９４）と、ｇｉ｜１６１３１５２７、ｇｉ｜５２０８１８４４、ｇｉ｜５２７８７２３３、ｇｉ｜１６５０４８６７、およびｇｉ｜１６４２２３１８（それぞれ、配列番号５３〜５７）（全てα−キシロシダーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号５２（ＲＡＡＣ００５９４）と、ｇｉ｜１６１３１５２７、ｇｉ｜５２０８１８４４、ｇｉ｜５２７８７２３３、ｇｉ｜１６５０４８６７、およびｇｉ｜１６４２２３１８（それぞれ、配列番号５３〜５７）（全てα−キシロシダーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号５２（ＲＡＡＣ００５９４）と、ｇｉ｜１６１３１５２７、ｇｉ｜５２０８１８４４、ｇｉ｜５２７８７２３３、ｇｉ｜１６５０４８６７、およびｇｉ｜１６４２２３１８（それぞれ、配列番号５３〜５７）（全てα−キシロシダーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号６９（ＲＡＡＣ００６０２）と、α−Ｌ−アラビノフラノシダーゼと、ｇｉ：６０７９９２４、ｇｉ：８９０９５９８５、ｇｉ：１５６１４４２４、ｇｉ：５２０８１３７５、およびｇｉ：５２７８６７５１（それぞれ、配列番号７０〜７４）（全てα−Ｌ−アラビノフラノシダーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号６９（ＲＡＡＣ００６０２）と、α−Ｌ−アラビノフラノシダーゼと、ｇｉ：６０７９９２４、ｇｉ：８９０９５９８５、ｇｉ：１５６１４４２４、ｇｉ：５２０８１３７５、およびｇｉ：５２７８６７５１（それぞれ、配列番号７０〜７４）（全てα−Ｌ−アラビノフラノシダーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号８６（ＲＡＡＣ００７９８）と、細胞壁関連ヒドロラーゼと、ｇｉ｜１５８９３６０１、ｇｉ｜１５８９６１９６、ｇｉ｜１５８９３６００、およびｇｉ｜１１６５１３３５１（それぞれ、配列番号８７〜９０）（全て細胞壁関連ヒドロラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号８６（ＲＡＡＣ００７９８）と、細胞壁関連ヒドロラーゼと、ｇｉ｜１５８９３６０１、ｇｉ｜１５８９６１９６、ｇｉ｜１５８９３６００、およびｇｉ｜１１６５１３３５１（それぞれ、配列番号８７〜９０）（全て細胞壁関連ヒドロラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号１０２（ＲＡＡＣ００１０７６）と、アルトロナート（Ａｌｔｒｏｎａｔｅ）ヒドロラーゼと、ｇｉ｜１５６１３０５３、ｇｉ｜１２１５３３３９７、ｇｉ｜５２０８１８１６、ｇｉ｜５２７８７２０３、およびｇｉ｜１５８９３９８４（それぞれ、配列番号１０３〜１０７）（全てアルトロナートヒドロラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号１０２（ＲＡＡＣ００１０７６）と、アルトロナート（Ａｌｔｒｏｎａｔｅ）ヒドロラーゼと、ｇｉ｜１５６１３０５３、ｇｉ｜１２１５３３３９７、ｇｉ｜５２０８１８１６、ｇｉ｜５２７８７２０３、およびｇｉ｜１５８９３９８４（それぞれ、配列番号１０３〜１０７）（全てアルトロナートヒドロラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号１１９（ＲＡＡＣ０４３４１）と、ｇｉ｜１２５９７３１２５、ｇｉ｜７６７９６６２５、ｇｉ｜２０５１５４２８、ｇｉ｜１１４８４３３１７、およびｇｉ｜７６７９５３４２（それぞれ、配列番号１２０〜１２４）（全てセルラーゼ／エンドグルカナーゼＭである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号１１９（ＲＡＡＣ０４３４１）と、ｇｉ｜１２５９７３１２５、ｇｉ｜７６７９６６２５、ｇｉ｜２０５１５４２８、ｇｉ｜１１４８４３３１７、およびｇｉ｜７６７９５３４２（それぞれ、配列番号１２０〜１２４）（全てセルラーゼ／エンドグルカナーゼＭである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号１３６（ＲＡＡＣ０４３４２）と、ｇｉ｜１２５９７３１２６、ｇｉ｜２０５１５４２９、ｇｉ｜７６７９６６２４、ｇｉ｜１１４８４３３１６、およびｇｉ｜１５８９３５０８（それぞれ、配列番号１３７〜１４１）（全てセルラーゼ／エンドグルカナーゼＭである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号１３６（ＲＡＡＣ０４３４２）と、ｇｉ｜１２５９７３１２６、ｇｉ｜２０５１５４２９、ｇｉ｜７６７９６６２４、ｇｉ｜１１４８４３３１６、およびｇｉ｜１５８９３５０８（それぞれ、配列番号１３７〜１４１）（全てセルラーゼ／エンドグルカナーゼＭである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号１５３（ＲＡＡＣ０４３４３）と、セルラーゼ／エンドグルカナーゼＭと、ｇｉ：２０５１５４３０、ｇｉ：７６７９６６２３、ｇｉ：１２５９７３１２７、およびｇｉ：１２５９７３１２６（それぞれ、配列番号１５４〜１５６、および１３７）（全てセルラーゼ／エンドグルカナーゼＭである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号１６８（ＲＡＡＣ０１２７５）と、ポリガラクツロナーゼと、ｇｉ：８９０９８５２９、ｇｉ：１１６６２３１５１、ｇｉ：１１６６２０３７３、ｇｉ：５２０８１８１５、およびｇｉ：５２７８７２０２（それぞれ、配列番号１６９〜１７３）（全てポリガラクツロナーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号１６８（ＲＡＡＣ０１２７５）と、ポリガラクツロナーゼと、ｇｉ：８９０９８５２９、ｇｉ：１１６６２３１５１、ｇｉ：１１６６２０３７３、ｇｉ：５２０８１８１５、およびｇｉ：５２７８７２０２（それぞれ、配列番号１６９〜１７３）（全てポリガラクツロナーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号１６８（ＲＡＡＣ０１２７５）と、ポリガラクツロナーゼと、ｇｉ：８９０９８５２９、ｇｉ：１１６６２３１５１、ｇｉ：１１６６２０３７３、ｇｉ：５２０８１８１５、およびｇｉ：５２７８７２０２（それぞれ、配列番号１６９〜１７３）（全てポリガラクツロナーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号１８５（ＲＡＡＣ０１６１５）と、α−ガラクトシダーゼと、ｇｉ｜１５６１４７８６、ｇｉ｜９０９６１９８５、ｇｉ｜１４８５４４１３９、ｇｉ｜７６７９６３４６、およびｇｉ：１１４８４４３１５（それぞれ、配列番号１８６〜１９０）（全てα−ガラクトシダーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号１８５（ＲＡＡＣ０１６１５）と、α−ガラクトシダーゼと、ｇｉ｜１５６１４７８６、ｇｉ｜９０９６１９８５、ｇｉ｜１４８５４４１３９、ｇｉ｜７６７９６３４６、およびｇｉ：１１４８４４３１５（それぞれ、配列番号１８６〜１９０）（全てα−ガラクトシダーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号１８５（ＲＡＡＣ０１６１５）と、α−ガラクトシダーゼと、ｇｉ｜１５６１４７８６、ｇｉ｜９０９６１９８５、ｇｉ｜１４８５４４１３９、ｇｉ｜７６７９６３４６、およびｇｉ：１１４８４４３１５（それぞれ、配列番号１８６〜１９０）（全てα−ガラクトシダーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号２０２（ＲＡＡＣ０１６２１）と、セロビオースホスホリラーゼと、ｇｉ｜１２５９７３７３６、ｇｉ｜１１４８４４１０２、ｇｉ｜２０５１７１６０、ｇｉ｜７６７９５７００、およびｇｉ｜１１８７２５３４０（それぞれ、配列番号２０３〜２０７）（全てセロビオースホスホリラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号２０２（ＲＡＡＣ０１６２１）と、セロビオースホスホリラーゼと、ｇｉ｜１２５９７３７３６、ｇｉ｜１１４８４４１０２、ｇｉ｜２０５１７１６０、ｇｉ｜７６７９５７００、およびｇｉ｜１１８７２５３４０（それぞれ、配列番号２０３〜２０７）（全てセロビオースホスホリラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号２０２（ＲＡＡＣ０１６２１）と、セロビオースホスホリラーゼと、ｇｉ｜１２５９７３７３６、ｇｉ｜１１４８４４１０２、ｇｉ｜２０５１７１６０、ｇｉ｜７６７９５７００、およびｇｉ｜１１８７２５３４０（それぞれ、配列番号２０３〜２０７）（全てセロビオースホスホリラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号２０２（ＲＡＡＣ０１６２１）と、セロビオースホスホリラーゼと、ｇｉ｜１２５９７３７３６、ｇｉ｜１１４８４４１０２、ｇｉ｜２０５１７１６０、ｇｉ｜７６７９５７００、およびｇｉ｜１１８７２５３４０（それぞれ、配列番号２０３〜２０７）（全てセロビオースホスホリラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号２０２（ＲＡＡＣ０１６２１）と、セロビオースホスホリラーゼと、ｇｉ｜１２５９７３７３６、ｇｉ｜１１４８４４１０２、ｇｉ｜２０５１７１６０、ｇｉ｜７６７９５７００、およびｇｉ｜１１８７２５３４０（それぞれ、配列番号２０３〜２０７）（全てセロビオースホスホリラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号２０２（ＲＡＡＣ０１６２１）と、セロビオースホスホリラーゼと、ｇｉ｜１２５９７３７３６、ｇｉ｜１１４８４４１０２、ｇｉ｜２０５１７１６０、ｇｉ｜７６７９５７００、およびｇｉ｜１１８７２５３４０（それぞれ、配列番号２０３〜２０７）（全てセロビオースホスホリラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号２０２（ＲＡＡＣ０１６２１）と、セロビオースホスホリラーゼと、ｇｉ｜１２５９７３７３６、ｇｉ｜１１４８４４１０２、ｇｉ｜２０５１７１６０、ｇｉ｜７６７９５７００、およびｇｉ｜１１８７２５３４０（それぞれ、配列番号２０３〜２０７）（全てセロビオースホスホリラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号２０２（ＲＡＡＣ０１６２１）と、セロビオースホスホリラーゼと、ｇｉ｜１２５９７３７３６、ｇｉ｜１１４８４４１０２、ｇｉ｜２０５１７１６０、ｇｉ｜７６７９５７００、およびｇｉ｜１１８７２５３４０（それぞれ、配列番号２０３〜２０７）（全てセロビオースホスホリラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号２０２（ＲＡＡＣ０１６２１）と、セロビオースホスホリラーゼと、ｇｉ｜１２５９７３７３６、ｇｉ｜１１４８４４１０２、ｇｉ｜２０５１７１６０、ｇｉ｜７６７９５７００、およびｇｉ｜１１８７２５３４０（それぞれ、配列番号２０３〜２０７）（全てセロビオースホスホリラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号２０２（ＲＡＡＣ０１６２１）と、セロビオースホスホリラーゼと、ｇｉ｜１２５９７３７３６、ｇｉ｜１１４８４４１０２、ｇｉ｜２０５１７１６０、ｇｉ｜７６７９５７００、およびｇｉ｜１１８７２５３４０（それぞれ、配列番号２０３〜２０７）（全てセロビオースホスホリラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号２０２（ＲＡＡＣ０１６２１）と、セロビオースホスホリラーゼと、ｇｉ｜１２５９７３７３６、ｇｉ｜１１４８４４１０２、ｇｉ｜２０５１７１６０、ｇｉ｜７６７９５７００、およびｇｉ｜１１８７２５３４０（それぞれ、配列番号２０３〜２０７）（全てセロビオースホスホリラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号２１９（ＲＡＡＣ０１７５５）と、ｇｉ｜１５６１６２５３、ｇｉ｜８９０９９４６６、ｇｉ｜１７２２７８２７、ｇｉ｜７２１６３３７８、およびｇｉ｜１３４７０８７８（それぞれ、配列番号２２０〜２２４）（全てグリコーゲン脱分枝酵素である）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号２１９（ＲＡＡＣ０１７５５）と、ｇｉ｜１５６１６２５３、ｇｉ｜８９０９９４６６、ｇｉ｜１７２２７８２７、ｇｉ｜７２１６３３７８、およびｇｉ｜１３４７０８７８（それぞれ、配列番号２２０〜２２４）（全てグリコーゲン脱分枝酵素である）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号２１９（ＲＡＡＣ０１７５５）と、ｇｉ｜１５６１６２５３、ｇｉ｜８９０９９４６６、ｇｉ｜１７２２７８２７、ｇｉ｜７２１６３３７８、およびｇｉ｜１３４７０８７８（それぞれ、配列番号２２０〜２２４）（全てグリコーゲン脱分枝酵素である）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号２３６（ＲＡＡＣ０１８８７）と、セルラーゼ／エンドグルカナーゼＭと、ｇｉ｜５２０８１３８４、ｇｉ｜１２４５２１９８２、ｇｉ｜８９０９８８８０、ｇｉ｜１２１５３３８２６、およびｇｉ｜１５６１５８１９（それぞれ、配列番号２３７〜２４０）（全てセルラーゼ／エンドグルカナーゼＭである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号２３６（ＲＡＡＣ０１８８７）と、セルラーゼ／エンドグルカナーゼＭと、ｇｉ｜５２０８１３８４、ｇｉ｜１２４５２１９８２、ｇｉ｜８９０９８８８０、ｇｉ｜１２１５３３８２６、およびｇｉ｜１５６１５８１９（それぞれ、配列番号２３７〜２４０）（全てセルラーゼ／エンドグルカナーゼＭである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号２５３（ＲＡＡＣ０１８９７）と、アセチルエステラーゼ／アセチルヒドロラーゼと、ｇｉ｜２１２２１８４２、ｇｉ｜１３４７０５１３、ｇｉ｜１３４７１７８２、ｇｉ｜１６３２９５６３、およびｇｉ｜１５６００５７７（それぞれ、配列番号２５４〜２５８）（全てアセチルエステラーゼ／アセチルヒドロラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号２５３（ＲＡＡＣ０１８９７）と、アセチルエステラーゼ／アセチルヒドロラーゼと、ｇｉ｜２１２２１８４２、ｇｉ｜１３４７０５１３、ｇｉ｜１３４７１７８２、ｇｉ｜１６３２９５６３、およびｇｉ｜１５６００５７７（それぞれ、配列番号２５４〜２５８）（全てアセチルエステラーゼ／アセチルヒドロラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号２７０（ＲＡＡＣ０１９１７）と、β−１，４−キシラナーゼと、ｇｉ｜１１４０５４５４５、ｇｉ｜１３４２６６９４３、ｇｉ｜３９６５４２４２、ｇｉ｜６１２８７９３６、およびｇｉ｜３２０１４８３（それぞれ、配列番号２７１〜２７５）（全てβ−１，４−キシラナーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号２７０（ＲＡＡＣ０１９１７）と、β−１，４−キシラナーゼと、ｇｉ｜１１４０５４５４５、ｇｉ｜１３４２６６９４３、ｇｉ｜３９６５４２４２、ｇｉ｜６１２８７９３６、およびｇｉ｜３２０１４８３（それぞれ、配列番号２７１〜２７５）（全てβ−１，４−キシラナーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号２８７（ＲＡＡＣ０２４０４）と、シンナモイルエステルヒドロラーゼと、ｇｉ｜７６７９６５７６、ｇｉ｜１１４８４５１８１、ｇｉ｜１５８９６８９８、ｇｉ｜１５８０６０７３、およびｇｉ｜５８４４８０９０（それぞれ、配列番号２８８〜２９２）（全てシンナモイルエステルヒドロラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号２８７（ＲＡＡＣ０２４０４）と、シンナモイルエステルヒドロラーゼと、ｇｉ｜７６７９６５７６、ｇｉ｜１１４８４５１８１、ｇｉ｜１５８９６８９８、ｇｉ｜１５８０６０７３、およびｇｉ｜５８４４８０９０（それぞれ、配列番号２８８〜２９２）（全てシンナモイルエステルヒドロラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号３０４（ＲＡＡＣ０２４２４）と、カルボキシルエステラーゼＢ型と、ｇｉ｜５６４２１５８４、ｇｉ｜１３４１０５１６５、ｇｉ｜１２４５２１９３１、ｇｉ｜３３３１１８６５、およびｇｉ｜１３８８９６６３９（それぞれ、配列番号３０５〜３０９）（全てカルボキシルエステラーゼＢ型である）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号３０４（ＲＡＡＣ０２４２４）と、カルボキシルエステラーゼＢ型と、ｇｉ｜５６４２１５８４、ｇｉ｜１３４１０５１６５、ｇｉ｜１２４５２１９３１、ｇｉ｜３３３１１８６５、およびｇｉ｜１３８８９６６３９（それぞれ、配列番号３０５〜３０９）（全てカルボキシルエステラーゼＢ型である）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号３２１（ＲＡＡＣ０２６１６）と、βガラクトシダーゼ／β−グルクロニダーゼと、ｇｉ｜２９３７７１８９、ｇｉ｜１１６４９３９５０、ｇｉ｜４０７４５０１３、およびｇｉ｜４９１７６３０８（それぞれ、配列番号３２２〜３２５）（全てβガラクトシダーゼ／β−グルクロニダーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号３２１（ＲＡＡＣ０２６１６）と、βガラクトシダーゼ／β−グルクロニダーゼと、ｇｉ｜２９３７７１８９、ｇｉ｜１１６４９３９５０、ｇｉ｜４０７４５０１３、およびｇｉ｜４９１７６３０８（それぞれ、配列番号３２２〜３２５）（全てβガラクトシダーゼ／β−グルクロニダーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号３２１（ＲＡＡＣ０２６１６）と、βガラクトシダーゼ／β−グルクロニダーゼと、ｇｉ｜２９３７７１８９、ｇｉ｜１１６４９３９５０、ｇｉ｜４０７４５０１３、およびｇｉ｜４９１７６３０８（それぞれ、配列番号３２２〜３２５）（全てβガラクトシダーゼ／β−グルクロニダーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号３２１（ＲＡＡＣ０２６１６）と、βガラクトシダーゼ／β−グルクロニダーゼと、ｇｉ｜２９３７７１８９、ｇｉ｜１１６４９３９５０、ｇｉ｜４０７４５０１３、およびｇｉ｜４９１７６３０８（それぞれ、配列番号３２２〜３２５）（全てβガラクトシダーゼ／β−グルクロニダーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号３３７（ＲＡＡＣ０２６６１）と、キシランα−１，２−グルクロニダーゼと、ｇｉ｜１５６１３６２４、ｇｉ｜１１８７２５９７０、ｇｉ｜１４８２７０００４、ｇｉ｜１５６４２８３０、およびｇｉ｜１１６６２１７８４（それぞれ、配列番号３３８〜３４２）（全てキシランα−１，２−グルクロニダーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号３３７（ＲＡＡＣ０２６６１）と、キシランα−１，２−グルクロニダーゼと、ｇｉ｜１５６１３６２４、ｇｉ｜１１８７２５９７０、ｇｉ｜１４８２７０００４、ｇｉ｜１５６４２８３０、およびｇｉ｜１１６６２１７８４（それぞれ、配列番号３３８〜３４２）（全てキシランα−１，２−グルクロニダーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号３３７（ＲＡＡＣ０２６６１）と、キシランα−１，２−グルクロニダーゼと、ｇｉ｜１５６１３６２４、ｇｉ｜１１８７２５９７０、ｇｉ｜１４８２７０００４、ｇｉ｜１５６４２８３０、およびｇｉ｜１１６６２１７８４（それぞれ、配列番号３３８〜３４２）（全てキシランα−１，２−グルクロニダーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号３３７（ＲＡＡＣ０２６６１）と、キシランα−１，２−グルクロニダーゼと、ｇｉ｜１５６１３６２４、ｇｉ｜１１８７２５９７０、ｇｉ｜１４８２７０００４、ｇｉ｜１５６４２８３０、およびｇｉ｜１１６６２１７８４（それぞれ、配列番号３３８〜３４２）（全てキシランα−１，２−グルクロニダーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号３５４（ＲＡＡＣ０２９２５）と、３−ヒドロキシイソブチリル−ＣｏＡヒドロラーゼと、ｇｉ｜５２０８０４７３、ｇｉ｜１７５５２９６２、ｇｉ｜１５２９２３２９、ｇｉ｜６６８５１０１０、およびｇｉ｜４０７３９０５３（それぞれ、配列番号３５５〜３５９）（全て３−ヒドロキシイソブチリル−ＣｏＡヒドロラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号３５４（ＲＡＡＣ０２９２５）と、３−ヒドロキシイソブチリル−ＣｏＡヒドロラーゼと、ｇｉ｜５２０８０４７３、ｇｉ｜１７５５２９６２、ｇｉ｜１５２９２３２９、ｇｉ｜６６８５１０１０、およびｇｉ｜４０７３９０５３（それぞれ、配列番号３５５〜３５９）（全て３−ヒドロキシイソブチリル−ＣｏＡヒドロラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号３５４（ＲＡＡＣ０２９２５）と、３−ヒドロキシイソブチリル−ＣｏＡヒドロラーゼと、ｇｉ｜５２０８０４７３、ｇｉ｜１７５５２９６２、ｇｉ｜１５２９２３２９、ｇｉ｜６６８５１０１０、およびｇｉ｜４０７３９０５３（それぞれ、配列番号３５５〜３５９）（全て３−ヒドロキシイソブチリル−ＣｏＡヒドロラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号３７１（ＲＡＡＣ０３００１）と、β−グルコシダーゼＢ関連グリコシダーゼと、ｇｉ｜１２５９７３７７１、ｇｉ｜１１６６１７９８５、ｇｉ｜１１６４９４２４８、ｇｉ｜１１６３３４５２４、およびｇｉ｜６６８５１５５１（それぞれ、配列番号３７２〜３７６）（全てβ−グルコシダーゼＢ関連グリコシダーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号３７１（ＲＡＡＣ０３００１）と、β−グルコシダーゼＢ関連グリコシダーゼと、ｇｉ｜１２５９７３７７１、ｇｉ｜１１６６１７９８５、ｇｉ｜１１６４９４２４８、ｇｉ｜１１６３３４５２４、およびｇｉ｜６６８５１５５１（それぞれ、配列番号３７２〜３７６）（全てβ−グルコシダーゼＢ関連グリコシダーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号３７１（ＲＡＡＣ０３００１）と、β−グルコシダーゼＢ関連グリコシダーゼと、ｇｉ｜１２５９７３７７１、ｇｉ｜１１６６１７９８５、ｇｉ｜１１６４９４２４８、ｇｉ｜１１６３３４５２４、およびｇｉ｜６６８５１５５１（それぞれ、配列番号３７２〜３７６）（全てβ−グルコシダーゼＢ関連グリコシダーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号３７１（ＲＡＡＣ０３００１）と、β−グルコシダーゼＢ関連グリコシダーゼと、ｇｉ｜１２５９７３７７１、ｇｉ｜１１６６１７９８５、ｇｉ｜１１６４９４２４８、ｇｉ｜１１６３３４５２４、およびｇｉ｜６６８５１５５１（それぞれ、配列番号３７２〜３７６）（全てβ−グルコシダーゼＢ関連グリコシダーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号３８８（ＲＡＡＣ０２９１３）と、キトオリゴ糖デアセチラーゼと、ｇｉ｜１５６１４９６９、ｇｉ｜１２４５２３０６６、ｇｉ｜１１４８４３６７１、ｇｉ｜８９１０１１８４、およびｇｉ｜２６３４０４２（それぞれ、配列番号３８９〜３９３）（全てキトオリゴ糖デアセチラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号３８８（ＲＡＡＣ０２９１３）と、キトオリゴ糖デアセチラーゼと、ｇｉ｜１５６１４９６９、ｇｉ｜１２４５２３０６６、ｇｉ｜１１４８４３６７１、ｇｉ｜８９１０１１８４、およびｇｉ｜２６３４０４２（それぞれ、配列番号３８９〜３９３）（全てキトオリゴ糖デアセチラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号４０５（ＲＡＡＣ０２８３９）と、キトオリゴ糖デアセチラーゼと、ｇｉ｜１５９５２６４、ｇｉ｜２０８０３９４９、ｇｉ｜１７３８０３８１、ｇｉ｜１２８４３８、およびｇｉ｜１００１９１３（それぞれ、配列番号４０６〜４０９）（全てキトオリゴ糖デアセチラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号４０５（ＲＡＡＣ０２８３９）と、キトオリゴ糖デアセチラーゼと、ｇｉ｜１５９５２６４、ｇｉ｜２０８０３９４９、ｇｉ｜１７３８０３８１、ｇｉ｜１２８４３８、およびｇｉ｜１００１９１３（それぞれ、配列番号４０６〜４０９）（全てキトオリゴ糖デアセチラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号４２２（ＲＡＡＣ００９６１）と、キトオリゴ糖デアセチラーゼと、ｇｉ｜１２４５２３４１１、ｇｉ｜１５８０６０９７９、ｇｉ｜２１２１９６４３、ｇｉ｜１３４７５１５８、およびｇｉ｜２１２１９４５５（それぞれ、配列番号４２３〜４２７）（全てキトオリゴ糖デアセチラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号４２２（ＲＡＡＣ００９６１）と、キトオリゴ糖デアセチラーゼと、ｇｉ｜１２４５２３４１１、ｇｉ｜１５８０６０９７９、ｇｉ｜２１２１９６４３、ｇｉ｜１３４７５１５８、およびｇｉ｜２１２１９４５５（それぞれ、配列番号４２３〜４２７）（全てキトオリゴ糖デアセチラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号４２２（ＲＡＡＣ００９６１）と、キトオリゴ糖デアセチラーゼと、ｇｉ｜１２４５２３４１１、ｇｉ｜１５８０６０９７９、ｇｉ｜２１２１９６４３、ｇｉ｜１３４７５１５８、およびｇｉ｜２１２１９４５５（それぞれ、配列番号４２３〜４２７）（全てキトオリゴ糖デアセチラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号４３９（ＲＡＡＣ００３６１）と、キトオリゴ糖デアセチラーゼと、ｇｉ｜５２０７８６５１、ｇｉ｜１６０７７２２５、ｇｉ｜８９１００３９５、ｇｉ｜１５６１２８０６、およびｇｉ｜１２１５３５４５４（それぞれ、配列番号４４０〜４４４）（全てキトオリゴ糖デアセチラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。
配列番号４３９（ＲＡＡＣ００３６１）と、キトオリゴ糖デアセチラーゼと、ｇｉ｜５２０７８６５１、ｇｉ｜１６０７７２２５、ｇｉ｜８９１００３９５、ｇｉ｜１５６１２８０６、およびｇｉ｜１２１５３５４５４（それぞれ、配列番号４４０〜４４４）（全てキトオリゴ糖デアセチラーゼである）との間の配列整合を表す。整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。]
[0015] リグノセルロースは、主に、セルロース、ヘミセルロース、およびリグニンから構成される高度に不均質な３次元マトリクスから成る。多くの燃料および化学物質は、これらのリグノセルロース物質から作ることが可能である。発酵プロセスを介して、燃料および化学物質の産生のためのリグノセルロース系バイオマスを利用するために、植物性多糖類類を糖モノマーに変換し、その後、種々の微生物を使用して、産物に発酵される必要がある。鉱酸によるリグノセルロースのモノマーへの直接加水分解は、高温および高圧下で可能であるが、糖の熱分解のため、不可避の収率損失を伴う。既存の市販される酵素を使用して、これらの収率損失を低減するための第１の戦略は、可溶性オリゴマーを産生するために低過酷度で前処理を実行し、続いて、セルラーゼおよびヘミセルラーゼを使用して、適温で多糖類を脱重合することである。第２の方法において、前処理の際、セルラーゼ、キシラナーゼ、および他のヘミセルラーゼを含む酸安定性熱耐性加水分解酵素のバイオマススラリーへの添加は、前処理の際にさらなる低温および低圧ならびにより安価な構成物質の使用を可能にし、資本およびエネルギーの両方を減少させる。この第２の方法の拡大は、酵素を用いた低過酷度前処理を同一条件下での発酵と組み合わせることであり、さらにコストを低減させる。]
[0016] 使用される市販の酵素の場合、戦略１を使用しなければならない。前処理および多糖類から産物への生物変換は、より少ないステップ／容器で、プロセス条件を中間で変更することなく達成可能であるため、第２の方法は、当技術分野での有意な改善を意味する。]
[0017] 本発明の実施形態は、一部には、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスの遺伝子配列およびアリサイクロバチルス・アシドカルダリウスの遺伝子によってコードされるタンパク質配列に関する。含まれる遺伝子は、リグノセルロース多糖類、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート等を含むバイオポリマーをモノマーまたはオリゴマーに脱重合するために必要な遺伝子である。細胞内酵素活性は、本質的に好熱性であり、同様の遺伝子の一般的な例は文献に記載されている。細胞外酵素活性は、好熱好酸性（同時に好熱性および好酸性）である。以下の酵素分類が、多糖類脱重合のために含まれる。グリコシルヒドロラーゼ（またはグリコシドヒドロラーゼ）、アセチルキシランエステラーゼ、およびｐ−クマル酸エステラーゼ、およびフェルラ酸エステラーゼを含むエステラーゼ、ならびにウロニダーゼ。バイオポリマー脱重合のためのさらなる酵素分類としては、ポリヒドロキシブチレート分解酵素が挙げられる。]
[0018] 本発明は、配列番号１、１８、３５、５１、６８、８５、１０１、１１８、１３５、１５２、１６７、１８４、２０１、２１８、２３５、２５２、２６９、２８６、３０３、３２０、３３６、３５３、３７０、３８７、４０４、４２１、４３８、４５５、４５７、４５９、４６１、または４６３、それらの断片のうちの１つから選択されるアリサイクロバチルス・アシドカルダリウスのゲノムの単離および／または精製されたヌクレオチド配列に関する。]
[0019] 同様に、本発明は、単離および／または精製されたクレオチド配列に関し、ａ）配列番号１、１８、３５、５１、６８、８５、１０１、１１８、１３５、１５２、１６７、１８４、２０１、２１８、２３５、２５２、２６９、２８６、３０３、３２０、３３６、３５３、３７０、３８７、４０４、４２１、４３８、４５５、４５７、４５９、４６１、または４６３の特異的断片、またはそれらの断片のうちの１つのヌクレオチド配列、ｂ）ａ）に定義されるようなヌクレオチド配列と相同のヌクレオチド配列、ｃ）ａ）またはｂ）に定義されるようなヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列と、それらの対応するＲＮＡのヌクレオチド配列、ｄ）ストリンジェントな条件下、ａ）、ｂ）、またはｃ）に定義されるような配列と、ハイブリダイズ可能なヌクレオチド配列、ｅ）ａ）、ｂ）、ｃ）、またはｄ）に定義されるような配列を含むヌクレオチド配列、およびｆ）ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、またはｅ）に定義されるようなヌクレオチド配列によって修飾されるヌクレオチド配列から選択されることを特徴とする。]
[0020] ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、または核酸配列は、本発明に従って、モノマーおよびダイマー（いわゆる、タンデム）形態における二本鎖または一本鎖ＤＮＡとＤＮＡの転写産物の両方を意味するものと理解されたい。]
[0021] 本発明の態様は、単離、精製、または部分的に精製可能なヌクレオチド配列に関し、例えば、イオン交換クロマトグラフィー、分子サイズに基づく除外クロマトグラフィー、または親和性クロマトグラフィー、あるいは代替として、異なる溶媒中の溶解度に基づく分画技術等の分離方法から開始し、もしくは本発明の配列は、ベクターによって運ぶことが可能であるので、増幅、クローニング、およびサブクローニング等の遺伝子工学の方法から開始して、本発明の配列を単離、精製、または部分的に精製することが可能である。]
[0022] 本発明により単離および／または精製されたヌクレオチド配列断片は、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスのゲノムの任意のヌクレオチド断片を指すものと理解され、非制限的な例として、その由来する配列の少なくとも８、１２、２０、２５、５０、７５、１００、２００、３００、４００、５００、１０００以上の連続的ヌクレオチド長が含まれる場合がある。]
[0023] 本発明による単離および／または精製されたヌクレオチド配列の特異的断片は、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスのゲノム配列の対応する断片との整合および比較後、少なくとも１つの異なる性質のヌクレオチドつまり塩基を有するアリサイクロバチルス・アシドカルダリウスのゲノムの任意のヌクレオチド断片を指すものと理解されたい。]
[0024] 本発明の意味において、相同の単離および／または精製されたヌクレオチド配列は、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、または９９．７％の本発明によるヌクレオチド配列の塩基と少なくとも同一率を有する単離および／または精製されたヌクレオチド配列を意味するものと理解され、本パーセンテージは、純粋に、統計的であって、２つのヌクレオチド配列間の差異を無作為におよびそれらの長さ全体にわたって、分布させることができる。]
[0025] 本発明の意味において、特異的相同ヌクレオチド配列は、上述のような特異的断片の少なくとも１つのヌクレオチド配列を有する相同ヌクレオチド配列を意味するものと理解される。「特異的」相同配列は、例えば、該ゲノム配列、またはアリサイクロバチルス・アシドカルダリウスのゲノムの変異体を表すその断片の配列に対応する配列を含むことが可能である。したがって、これらの特異的相同配列は、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスの株内の突然変異体に関連する変型に対応し、特に、少なくとも１つのヌクレオチドの切断、置換、欠失および／または付加に対応し得る。同様に、相同配列は、遺伝子コードの縮退に関連する変型に対応し得る。]
[0026] 用語「配列相同性の程度またはパーセンテージ」は、本願に定義されるように、「最適整合後の２つの配列間の配列同一性の程度またはパーセンテージ」を指す。
２つのアミノ酸またはヌクレオチド配列は、後述のように、最大一致のために整合されると、アミノ酸またはヌクレオチド残基の配列が、２つの配列内において、同じである場合、「同一である」と言える。２つ（以上）のペプチドまたはポリヌクレオチド間の配列比較は、典型的には、セグメントまたは「比較域」にわたる２つの最適に整合された配列の配列を比較し、配列類似性の局所的領域を同定および比較することによって行なわれる。比較のための配列の最適整合は、Ｓｍｉｔｈ ａｎｄ Ｗａｔｅｒｍａｎ，Ａｄ．Ａｐｐ．Ｍａｔｈ ２：４８２（１９８１）の局所的相同性アルゴリズムによって、Ｎｅｄｄｌｅｍａｎ ａｎｄ Ｗｕｎｓｃｈ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３（１９７０）の相同性整合アルゴリズムによって、Ｐｅａｒｓｏｎ ａｎｄ Ｌｉｐｍａｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（Ｕ．Ｓ．Ａ．）８５：２４４４（１９８８）の類似方法の検索によって、コンピュータによるこれらのアルゴリズムの実施（ＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、およびＴＦＡＳＴＡ（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ（ＧＣＧ）、５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．））によって、または目視検査によって、行なわれてもよい。]
[0027] 「配列同一性のパーセンテージ」（つまり、同一性の程度）は、配列比較用ウインドウにわたる２つの最適に整合された配列を比較することによって決定され、配列比較用ウインドウ内のペプチドまたはポリヌクレオチド配列の一部は、２つの配列の最適整合のための参照配列（付加または欠失を含まない）と比較して、付加または欠失（すなわち、ギャップ）を含む場合がある。該パーセンテージは、同一のアミノ酸残基または核酸塩基が両配列内で生じる位置の数を判断し、整合位置の数を求め、整合位置の数を配列比較用ウインドウ内の位置の総数で割り、その結果に１００を掛け、配列同一性のパーセンテージを求めることによって計算される。]
[0028] 上述の配列同一性の定義は、当業者によって使用される可能性のある定義である。定義自体は、任意のアルゴリズムの支援を必要とせず、アルゴリズムは、配列同一性の計算ではなく、配列の最適整合を達成するためにのみ有用である。]
[0029] 上述の定義から、２つの比較される配列間の配列同一性に対し、明確かつ１つのみの値が存在し、その値は、最善つまり最適整合のために求められた値に対応するということになる。]
[0030] ウェブサイト（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｏｒｆ／ｂｌ２．ｈｔｍｌ）から利用可能であって、２つの配列間の同一性を比較および判断するのに、発明者と、概して、当業者によって、習慣的に使用されるソフトウェアであるＢＬＡＳＴＮまたはＢＬＡＳＴ Ｐ「ＢＬＡＳＴ ２配列」では、比較される配列長に応じるギャップコストは、ソフトウェアによって直接選択される（すなわち、長さ＞８５の場合、置換マトリクスＢＬＯＳＵＭ６２に対して１１．２）。]
[0031] 本発明の配列の相補的ヌクレオチド配列は、任意のＤＮＡを意味するものと理解され、そのヌクレオチドは、本発明の配列のものに相補的であって、その配向は、逆転される（アンチセンス配列）。]
[0032] 本発明によるヌクレオチド配列とのストリンジェンシーな件下のハイブリダイゼーションは、相補的ＤＮＡの２つの断片間のハイブリダイゼーションを維持可能なように選択される、温度およびイオン強度条件下のハイブリダイゼーションを意味するものとして理解される。]
[0033] 例示目的で、上述のヌクレオチド断片を定義する目的としてのハイブリダイゼーションステップの高過酷度条件は、有利には、以下である。
該ハイブリダイゼーションは、ＳＳＣ緩衝液（０．１５Ｍ ＮａＣｌおよび０．０５Ｍクエン酸ナトリウムに対応する１ｘＳＳＣ）の存在下、６５℃の選択的温度で実行される。洗浄ステップは、例えば、以下であり得る。周囲温度の２ｘＳＳＣに続いて、それぞれ１０分間、６５℃の２ｘＳＳＣ、０．５％ＳＤＳと、６５℃の２ｘ０．５ｘＳＳＣ、０．５％ＳＤＳによる２回の洗浄を行なう。]
[0034] 例えば、２ｘＳＳＣ緩衝液の存在下における４２℃の温度の中度のストリンジェンシー、または例えば、２ｘＳＳＣ緩衝液の存在下における３７℃の温度の低度のストリンジェンシーの条件は、それぞれ、２つの配列間のハイブリダイゼーションのために、全体的相補性をほとんど必要としない。]
[0035] サイズが約３５０の塩基のポリヌクレオチドのための上述のストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，１９８９の教示に従って、当業者によって、より大きいまたは小さいサイズのオリゴヌクレオチドに適合される。]
[0036] 本発明による単離および／または精製されたヌクレオチド配列の中には、本発明による相同配列を得ることを可能にする方法において、プライマーまたはプローブとして使用可能なものが含まれ、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、核酸クローニング、およびシークエンシング等のこれらの方法は、当業者に周知である。]
[0037] 本発明による単離および／または精製されたヌクレオチド配列のうち、配列番号１、１８、３５、５１、６８、８５、１０１、１１８、１３５、１５２、１６７、１８４、２０１、２１８、２３５、２５２、２６９、２８６、３０３、３２０、３３６、３５３、３７０、３８７、４０４、４２１、４３８、４５５、４５７、４５９、４６１、または４６３、その断片のうちの１つ、または後述のようなその変異体のうちの１つの存在を診断可能にする方法において、プライマーまたはプローブとして使用可能なものが同様に好まれる。]
[0038] 本発明によるヌクレオチド配列断片は、例えば、ＰＣＲ等の特異的増幅によって、または本発明によるヌクレオチド配列の適切な制限酵素による消化後、得ることが可能であって、これらの方法は、特に、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，１９８９の研究に記載されている。同様に、そのような代表的断片は、当業者に周知の方法に従って、化学合成によって得ることが可能である。]
[0039] 修飾ヌクレオチド配列は、当業者に周知の技術に従って、突然変異生成によって得られ、本発明による正常配列に対する修飾、例えば、特に、ポリペプチドの発現率の修飾または複製サイクルの変調につながるポリペプチド発現の調節配列および／またはプロモーター配列における突然変異体を含有する任意のヌクレオチド配列を意味するものとして理解されたい。]
[0040] 同様に、修飾ヌクレオチド配列は、後述のような修飾ポリペプチドをコードする任意のヌクレオチド配列を意味するものとして理解されたい。
本発明は、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスの単離および／または精製されたヌクレオチド配列を含むヌクレオチド配列に関し、該配列が、配列番号１、１８、３５、５１、６８、８５、１０１、１１８、１３５、１５２、１６７、１８４、２０１、２１８、２３５、２５２、２６９、２８６、３０３、３２０、３３６、３５３、３７０、３８７、４０４、４２１、４３８、４５５、４５７、４５９、４６１、または４６３、またはそれらの断片のうちの１つから選択されることを特徴とする。]
[0041] 同様に、本発明の実施形態は、単離および／または精製されたヌクレオチド配列に関し、ａ）配列番号１、１８、３５、５１、６８、８５、１０１、１１８、１３５、１５２、１６７、１８４、２０１、２１８、２３５、２５２、２６９、２８６、３０３、３２０、３３６、３５３、３７０、３８７、４０４、４２１、４３８、４５５、４５７、４５９、４６１、または４６３、またはそれらの断片のうちの１つのヌクレオチド配列、ｂ）ａ）に定義されるような配列の特異的断片のヌクレオチド配列、ｃ）ａ）またはｂ）に定義されるような配列と少なくとも８０％の同一性を有する相同ヌクレオチド配列、ｄ）ａ）、ｂ）、またはｃ）に定義されるような配列に対応する相補的ヌクレオチド配列またはＲＮＡの配列、およびｅ）ａ）、ｂ）、ｃ）、またはｄ）に定義されるような配列によって修飾されるヌクレオチド配列から、選択されるヌクレオチド配列を含むことを特徴とする。]
[0042] 本発明による単離および／または精製されたヌクレオチド配列の中には、配列番号８〜１２、２５〜２９、４１〜４５、５８〜６２、７５〜７９、９１〜９５、１０８〜１１２、１２５〜１２９、１４２〜１４６、１５７〜１６１、１７４〜１７８、１９１〜１９５、２０８〜２１２、２２５〜２２９、２４２〜２４６、２５９〜２６３、２７６〜２８０、２９３〜２９７、３１０〜３１４、３２６〜３３０、３４３〜３４７、３６０〜３６４、３７７〜３８１、３９４〜３９８、４１１〜４１５、４２８〜４３２、または４４５〜４４９、またはそれらの断片のヌクレオチド配列、および配列番号１、１８、３５、５１、６８、８５、１０１、１１８、１３５、１５２、１６７、１８４、２０１、２１８、２３５、２５２、２６９、２８６、３０３、３２０、３３６、３５３、３７０、３８７、４０４、４２１、４３８、４５５、４５７、４５９、４６１、または４６３、またはそれらの断片と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、または９９．７％の同一性の相同性を有する任意の他の単離および／または精製されたヌクレオチド配列が含まれる。該相同配列は、例えば、ゲノム配列アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスに対応する配列を含むことが可能である。同様に、これらの特異的相同配列は、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスの株内の突然変異体と関連した変型に対応し、特に、少なくとも１つのヌクレオチドの切断、置換、欠失および／または付加に対応し得る。]
[0043] 本発明の実施形態は、本発明によるヌクレオチド配列によってコードされる単離および／または精製されたポリペプチドあるいはその断片を含み、その断片の配列は、断片（のヌクレオチド配列）によって表される。アミノ酸配列は、配列番号１、１８、３５、５１、６８、８５、１０１、１１８、１３５、１５２、１６７、１８４、２０１、２１８、２３５、２５２、２６９、２８６、３０３、３２０、３３６、３５３、３７０、３８７、４０４、４２１、４３８、４５５、４５７、４５９、４６１、または４６３の３つの可能な読み枠のうちの１つに従ってコード可能な単離および／または精製ポリペプチドに対応する。]
[0044] 同様に、本発明の実施形態は、単離および／または精製されたポリペプチドに関し、アミノ酸配列番号２、１９、５２、６９、８６、１０２、１１９、１３６、１５３、１６８、１８５、２０２、２１９、２３６、２５３、２７０、２８７、３０４、３２１、３３７、３５４、３７１、３８８、４０５、４２２、４３９、４５６、４５８、４６０、４６２、または４６４、またはそれらの断片のうちの１つから選択されるポリペプチドを含むことを特徴とする。]
[0045] 本発明の実施形態によると、単離および／または精製されたポリペプチドの中には、アミノ酸配列１３〜１７、３０〜３４、４６〜５０、６３〜６７、８０〜８４、９６〜１００、１１３〜１１７、１３０〜１３４、１４７〜１５１、１６２〜１６６、１７９〜１８３、１９６〜２００、２１３〜２１７、２３０〜２３４、２４７〜２５１、２６４〜２６８、２８１〜２８５、２９８〜３０２、３１５〜３１９、３３１〜３３５、３４８〜３５２、３６５〜３６９、３８２〜３８６、３９９〜４０３、４１６〜４２０、４３３〜４３７、または４５０〜４５４、またはそれらの断片の単離および／または精製されたポリペプチド、または配列番号２、１９、５２、６９、８６、１０２、１１９、１３６、１５３、１６８、１８５、２０２、２１９、２３６、２５３、２７０、２８７、３０４、３２１、３３７、３５４、３７１、３８８、４０５、４２２、４３９、４５６、４５８、４６０、４６２、または４６４、またはその断片と少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、または９９．７％の同一性の相同性を有する任意の他の単離および／または精製されたポリペプチドが含まれる。]
[0046] また、本発明の実施形態は、該ポリペプチドに関し、ａ）本発明によるアミノ酸配列のポリペプチドの少なくとも５つのアミノ酸の特異的断片、ｂ）ａ）に定義されるようなポリペプチドと相同のポリペプチド、ｃ）ａ）またはｂ）に定義されるようなポリペプチドの特異的生物活性断片、およびｄ）ａ）、ｂ）、またはｃ）に定義されるようなポリペプチドによって修飾されるポリペプチドから選択されるポリペプチドを含むことを特徴とする。]
[0047] 本説明では、ポリペプチド、ペプチド、およびタンパク質という用語は、同義的に使用される。
本発明の実施形態では、本発明による単離および／または精製されたポリペプチドは、グリコシル化、ペグ化、および／または別様に翻訳後に修飾されてもよい。さらなる実施形態では、グリコシル化、ペグ化、および／または他の翻訳後修飾は、生体内または生体外で生じてもよく、および／または化学的技術を使用して行なわれてもよい。付加的実施形態では、任意のグリコシル化、ベグ化、および／または他の翻訳後修飾は、Ｎ結合型またはＯ結合型であってもよい。]
[0048] 本発明の実施形態では、本発明による単離および／または精製されたポリペプチドの任意の１つは、摂氏約２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、および／または９５度以上の温度で酵素的に活性であってもよく、ならびに／あるいは７、６、５、４、３、２、１、および／または０以下および／または以上のｐＨで酵素的に活性であってもよい。本発明のさらなる実施形態では、グリコシル化、ベグ化、および／または他の翻訳後修飾は、本発明による単離および／または精製されたポリペプチドが、７、６、５、４、３、２、１、および／または０以下のｐＨ、あるいは摂氏約２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、および／または９５度以上の温度で酵素的に活性であることを必要としてもよい。]
[0049] 本発明の態様は、天然源から精製によって単離される、または得られるか、あるいは遺伝子組み換えによって、または代替として化学合成によって得られ、したがって、後述のように、非天然アミノ酸を含有し得る、ポリペプチドに関する。]
[0050] 本発明の実施形態による「ポリペプチド断片」は、少なくとも５つの連続的アミノ酸、好ましくは、１０の連続的アミノ酸または１５の連続的アミノ酸を含有するポリペプチドを指すものとして理解される。]
[0051] 本発明では、特異的ポリペプチド断片は、本発明による特異的断片ヌクレオチド配列によってコードされる連続的ポリペプチド断片を指すものとして理解される。
「相同ポリペプチド」は、天然ポリペプチドに対して、特に、少なくとも１つのアミノ酸の欠失、付加、あるいは置換、切断、延長、キメラ融合、および／または突然変異等のある修飾を有するポリペプチドを指すものとして理解されたい。相同ポリペプチドのうち、そのアミノ酸配列が、本発明によるポリペプチドのアミノ酸の配列と少なくとも８０％または９０％の相同性を有するものが好ましい。]
[0052] 「特異的相同ポリペプチド」は、上述のような、本発明によるポリペプチドの特異的断片を有する相同ポリペプチドを指すものと理解されたい。
置換の場合、１つもしくは複数の連続的または非連続的アミノ酸が、「等価」アミノ酸に置き換えられる。「等価」アミノ酸という表現は、塩基構造のアミノ酸の１つによって置換可能であるが、本質的に、対応するペプチドの生物活性を変更せず、以下によって定義されるような任意のアミノ酸を指すものとして指図される。アミノ酸配列番号２、１９、５２、６９、８６、１０２、１１９、１３６、１５３、１６８、１８５、２０２、２１９、２３６、２５３、２７０、２８７、３０４、３２１、３３７、３５４、３７１、３８８、４０５、４２２、４３９、４５６、４５８、４６０、４６２、または４６４内のそのような置換の例として、アミノ酸配列番号１３〜１７、３０〜３４、４６〜５０、６３〜６７、８０〜８４、９６〜１００、１１３〜１１７、１３０〜１３４、１４７〜１５１、１６２〜１６６、１７９〜１８３、１９６〜２００、２１３〜２１７、２３０〜２３４、２４７〜２５１、２６４〜２６８、２８１〜２８５、２９８〜３０２、３１５〜３１９、３３１〜３３５、３４８〜３５２、３６５〜３６９、３８２〜３８６、３９９〜４０３、４１６〜４２０、４３３〜４３７、または４５０〜４５４の単離および／または精製されたポリペプチドが含まれる場合がある。]
[0053] これらの等価アミノ酸は、置換アミノ酸とのその構造的相同性、または実行可能な異なるポリペプチド間の生物活性の比較試験の結果に応じて、決定可能である。
非制限的な例として、対応する修飾ポリペプチドの生物活性の広範囲にわたる修飾をもたらすことなく実行可能な置換の可能性として、例えば、バリンまたはイソロイシンによるロイシン、グルタミン酸によるアスパラギン酸、アスパラギンによるグルタミン、リジンによるアルギニン等の置き換えが挙げられるが、当然ながら、反転置換も、同条件下で想定可能である。]
[0054] さらなる実施形態では、置換は、類似同定酵素活性を有する他のタンパク質の中に保存されないアミノ酸の置換に制限される。例えば、本明細書の図面は、本発明のあるポリペプチドと類似酵素活性を有するものとして同定された他のポリペプチドとの間の配列整合を提供するものであって、整合された配列の３つ以上に共通のアミノ酸は、太字で示される。したがって、本発明の一実施形態によると、置換または突然変異は、図中の太字で示されていない位置で成される場合がある。そのようなポリペプチドの例として、アミノ酸配列番号１３〜１７、３０〜３４、４６〜５０、６３〜６７、８０〜８４、９６〜１００、１１３〜１１７、１３０〜１３４、１４７〜１５１、１６２〜１６６、１７９〜１８３、１９６〜２００、２１３〜２１７、２３０〜２３４、２４７〜２５１、２６４〜２６８、２８１〜２８５、２９８〜３０２、３１５〜３１９、３３１〜３３５、３４８〜３５２、３６５〜３６９、３８２〜３８６、３９９〜４０３、４１６〜４２０、４３３〜４３７、または４５０〜４５４に見られるようなものが含まれ得るが、それらに制限されない。さらなる実施形態では、核酸配列は、核酸配列がコードするアミノ酸が変化（縮重置換および突然変異）しないように突然変異または置換される、および／または任意の結果として生じるアミノ酸置換または突然変異が、図中の太字で示されない位置で成されるように突然変異または置換される場合がある。そのような核酸配列の例として、配列番号１３〜１７、３０〜３４、４６〜５０、６３〜６７、８０〜８４、９６〜１００、１１３〜１１７、１３０〜１３４、１４７〜１５１、１６２〜１６６、１７９〜１８３、１９６〜２００、２１３〜２１７、２３０〜２３４、２４７〜２５１、２６４〜２６８、２８１〜２８５、２９８〜３０２、３１５〜３１９、３３１〜３３５、３４８〜３５２、３６５〜３６９、３８２〜３８６、３９９〜４０３、４１６〜４２０、４３３〜４３７、または４５０〜４５４、またはその断片のヌクレオチド配列において見られるものが含まれ得るが、それらに制限されない。]
[0055] 同様に、特異的相同ポリペプチドは、上述のような特異的相同ヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチドに対応し、したがって、本定義では、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウス内に存在可能な変異体に突然変異または対応し、特に、少なくとも１つのアミノ酸残基の切断、置換、欠失、および／または付加に対応するポリペプチドを含む。]
[0056] 本発明の実施形態による「ポリペプチドの特異的生物活性断片」は、特に、本発明によるポリペプチドの特徴の少なくとも１つを有する上述のような特異的ポリペプチド断片を指すものとして理解されたい。ある実施形態では、該ペプチドは、αβヒドロラーゼ、α−グルコシダーゼ、グルカン１，４−α−マルトヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、アミラーゼ、アセチルエステラーゼ、β−ガラクトシダーゼ、αアミラーゼ、アセチルエステラーゼ、α−キシロシダーゼ、シクロマルトデキストリナーゼ、ネオプルラナーゼ、マルトース生成α−アミラーゼ、グリコシルヒドロラーゼのファミリー３１、α−Ｌ−アラビノフラノシダーゼ、細胞壁ヒドロラーゼ、アルトロナートヒドロラーゼ、ポリ−１，４−α−Ｄ−ガラクツロニド、キシランα−１，２−グルクロノシダーゼ、セルラーゼ／エンドグルカナーゼＭ、ポリガラクツロナーゼ、グリコシルヒドロラーゼ、ペプチドグリカンヒドロラーゼ、Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼ、エンドキチナーゼ、α−ガラクトシダーゼ、エンド−β−１，４−マンナナーゼ、セロビオースホスホリラーゼ、環状β−１，２−グルカンシンターゼ、グリコーゲン脱分枝酵素、アセチルヒドロラーゼ、β−１，４−キシラナーゼ、β−グルコシダーゼ、６−ホスホ−β−グルコシダーゼ、シンナモイルエステルヒドロラーゼ、β−グルクロニダーゼ、キシランα−１，２−グルクロノシダーゼ、３−ヒドロキシイソブチリル−ＣｏＡヒドロラーゼ、β−グルコシダーゼＢ−関連グリコシダーゼ、および／またはキトオリゴ糖デアセチラーゼとして作用可能である。]
[0057] 本発明の実施形態によるポリペプチド断片は、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウス内に必然的に存在する単離または精製された断片に対応する、またはトリプシン、もしくはキモトリプシンもしくはコラゲナーゼ等のタンパク質酵素による、あるいは臭化シアン（ＣＮＢｒ）等の化学試薬による、ポリペプチドの開裂によって得ることが可能な断片に対応し得る。同様に、そのようなポリペプチド断片は、化学合成によって、および／または適切な調節要素および／または発現要素の制御下で配置される断片の発現を可能にする核酸を含有する、本発明による発現ベクターによって形質転換される宿主から、容易に調製可能である。]
[0058] 本発明の実施形態によるポリペプチドの「修飾ポリペプチド」は、正常配列に対して少なくとも１つの修飾を有する、後述のように、遺伝子組み換えまたは化学合成によって得られるポリペプチドを指すものとして理解される。これらの修飾は、特異性および／または活性の起点において、あるいは本発明によるポリペプチドの構造的立体配座、局所化、おおび膜内挿入能の起点において、アミノ酸に影響を及ぼすことが可能または不可能である場合がある。したがって、活性が等価、増加、または減少し、特異性が等価、より狭小、またはより広大なポリペプチドを生成することが可能となる。修飾ポリペプチドの中で、最大で５以上のアミノ酸が修飾、ＮまたはＣ末端において切断、またはさらに欠失もしくは付加可能であるポリペプチドに言及することが必要である。]
[0059] 示される真核または原核細胞に対する変調を可能にする方法は、当業者には周知である。同様に、本発明による、後述のベクターを通して、変調のための修飾ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を使用可能であることは周知である。]
[0060] 上述の修飾ポリペプチドは、コンビナトリアルケミストリーを使用することによって得ることが可能であって、例えば、複数のモデル、複数の細胞培養、または複数の微生物に対して試験し、最も活発なまたは求めた特性を有する化合物を選択する前に、ポリペプチドの一部を体系的に変更することが可能である。]
[0061] 同様に、化学合成は、非天然アミノ酸または非ペプチド結合を使用可能であるという利点を有する。
したがって、本発明によるポリペプチドの寿命を改良するために、非天然アミノ酸（例えば、Ｄ型）またはアミノ酸類似体（例えば、特に、含硫型）の使用に着目してもよい。]
[0062] 最終的に、本発明によるポリペプチド、その特異的、または修飾相同形態の構造をポリペプチド型または他の化学構造に統合することが可能となる。したがって、ＮおよびＣ末端において、プロテアーゼによって認識されない化合物の提供に着目してもよい。]
[0063] 同様に、本発明によるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列も、本発明の一部である。
同様に、本発明は、プライマーまたはプローブとして利用可能なヌクレオチド配列に関し、該配列が、本発明によるヌクレオチド配列から選択されることを特徴とする。]
[0064] 同様に、本発明は、種々の実施形態において、当業者に周知であって、特に、後述のような手順による遺伝子組み換えまたは化学合成によって、天然ポリペプチドから精製して得ることが可能な、ヌクレオチド配列によってコードされるアリサイクロバチルス・アシドカルダリウスの特異的ポリペプチドに関することは十分理解されている。同様に、ヌクレオチド配列によってコードされる特異的ポリペプチドに対する標識または非標識モノあるいはポリクローナル抗体も、本発明によって包含される。]
[0065] 加えて、本発明の実施形態は、核酸配列の検出および／または増幅のためのプライマーまたはプローブとしての本発明によるヌクレオチド配列の使用に関する。
したがって、本発明の実施形態によるヌクレオチド配列を使用して、特に、ＰＣＲ技術（ポリメラーゼ連鎖反応）（Ｅｒｌｉｃｈ，１９８９； Ｉｎｎｉｓ ｅｔ ａｌ．，１９９０、Ｒｏｌｆｓ ｅｔ ａｌ．，１９９１、およびＷｈｉｔｅ ｅｔ ａｌ．，１９９７）によって、ヌクレオチド配列を増幅可能である。]
[0066] これらのオリゴデオキシリボヌクレオチドまたはオリゴリボヌクレオチドプライマーは、有利には、少なくとも８つのヌクレオチド、好ましくは、少なくとも１２のヌクレオチド、さらにより好ましくは、少なくとも２０のヌクレオチドの長さを有する。]
[0067] 標的核酸の他の増幅技術は、有利には、ＰＣＲの代替として採用可能である。
同様に、本発明のヌクレオチド配列、特に本発明によるプライマーは、ＴＡＳ技術（転写増幅システム）（Ｋｗｏｈ ｅｔ ａｌ．，１９８９）、３ＳＲ技術（自家持続配列複製）（Ｇｕａｔｅｌｌｉ ｅｔ ａｌ．，１９９０）、ＮＡＳＢＡ技術（核酸増幅）（Ｋｉｅｖｉｔｉｓ ｅｔ ａｌ．，１９９１）、ＳＤＡ技術（鎖置換増幅）（Ｗａｌｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９９２）、ＴＭＡ技術（転写媒介性増幅）等、標的核酸の増幅の他の手順において採用可能である。]
[0068] また、本発明のポリヌクレオチドは、熱安定性リガーゼを採用するＬＣＲ技術（リガーゼ連鎖反応）（Ｌａｎｄｅｇｒｅｎ ｅｔ ａｌ．，１９８８（Ｂａｒａｎｙ ｅｔ ａｌ．，１９９１によって改良））、ＲＣＲ技術（修復連鎖反応）（Ｓｅｇｅｖ，１９９２）、ＣＰＲ技術（サイクリングプローブ反応）（Ｄｕｃｋ ｅｔ ａｌ．，１９９０）、Ｑ−βレプリカーゼによる増幅技術（Ｍｉｅｌｅ ｅｔ ａｌ．，１９８３（特に、Ｃｈｕ ｅｔ ａｌ．，１９８６、Ｌｉｚａｒｄｉ ｅｔ ａｌ．，１９８８、その後、Ｂｕｒｇ ｅｔ ａｌ．ならびにＳｔｏｎｅ ｅｔ ａｌ．，１９９６によって改良））等、プローブとしての役割を果たす核酸の増幅または修飾技術において採用可能である。]
[0069] 検出される標的ポリヌクレオチドが、可能性として、ＲＮＡ、例えば、ｍＲＮＡである場合、生物学的試料内に含有されるＲＮＡからｃＤＮＡを得るために、本発明による少なくとも１つのプライマーの支援による増幅反応の採用、または本発明の少なくとも１つのプローブの支援による検出手順の採用に先立って、逆転写型の酵素を使用することが可能となる。したがって、得られるｃＤＮＡは、本発明による増幅または検出手順において採用されるプライマーまたはプローブの標的としての役割を果たすであろう。]
[0070] 検出プローブは、標的配列または標的配列から生成されるアンプリコンとハイブリダイズするように選択される。配列のために、そのようなプローブは、有利には、少なくとも１２のヌクレオチド、特に、少なくとも２０のヌクレオチド、好ましくは、少なくとも１００のヌクレオチドの配列を有する。]
[0071] また、本発明の実施形態は、本発明によるプローブまたはプライマーとして利用可能なヌクレオチド配列を含み、該ヌクレオチド配列が放射性化合物または非放射性化合物によって標識されることを特徴とする。]
[0072] 非標識ヌクレオチド配列は、プローブまたはプライマーとして直接使用可能であるが、配列は、概して、放射性要素（３２Ｐ、３５Ｓ、３Ｈ、１２５Ｉ）または非放射性分子（ビオチン、アセチルアミノフルオレン、ジゴキシゲニン、５−ブロモデオキシウリジン、フルオレセイン）によって標識され、多くの用途のために利用可能なプローブを得る。]
[0073] ヌクレオチド配列の非放射性標識の例は、例えば、フランス特許第７８．１０９７５号、またはＵｒｄｅａ ｅｔ ａｌ．、あるいはＳａｎｃｈｅｚ−Ｐｅｓｃａｄｏｒ ｅｔ ａｌ．（１９８８）に記載されている。]
[0074] 後者の場合、特許第ＦＲ−２ ４２２ ９５６号および第ＦＲ−２ ５１８ ７５５号に記載される標識方法の１つを使用することも可能となる。
該ハイブリダイゼーション技術は、種々の方法で実行可能である（Ｍａｔｔｈｅｗｓ ｅｔ ａｌ．， １９８８）。ほとんどの一般的方法は、支持体（ニトロセルロース、ナイロン、ポリスチレン等）上に細胞の核酸抽出物を固定し、特定の条件下、プローブとともに固定された標的核酸をインキュベートするステップから成る。ハイブリダイゼーション後、過剰プローブは、排除され、形成されるハイブリッド分子は、適切な方法（プローブに連鎖する放射能、蛍光発光、または酵素活性の測定）によって検出される。]
[0075] 同様に、本発明は、種々の実施形態では、本発明によるヌクレオチド配列を含み、共有結合的にまたは非共有結合的に支持体上に固定されることを特徴とする。
本発明によるヌクレオチド配列を採用する別の有益な形態によると、後者は、支持体上に固定された状態で使用可能であって、したがって、特異的ハイブリダイズによって、試験される生物学的試料から得られる標的核酸を捕捉する役割を果たすことが可能である。必要に応じて、固体支持体は、試料から分離され、その後、捕捉プローブと標的核酸との間に形成されるハイブリダイズ複合体は、第２のプローブ（容易に検出可能な要素によって標識される、いわゆる検出プローブ）の支援によって検出される。]
[0076] 本発明の別の態様は、配列のクローニングおよび／または発現のためのベクターであって、該ベクターが本発明によるヌクレオチド配列を含有することを特徴とする。
同様に、所定の宿主細胞内のヌクレオチド配列の発現および／または分泌を可能にする要素を含有することを特徴とする本発明によるベクターも、本発明の一部である。]
[0077] したがって、該ベクターは、プロモーター、翻訳の開始および終止信号、ならびに適切な転写調節領域を含有する場合がある。該ベクターは、宿主細胞内で安定的に維持可能であって、任意に、翻訳されたタンパク質の分泌を指定する特定の信号を有し得る。これらの異なる要素は、使用される宿主細胞に応じて選択されてもよい。本目的のために、本発明によるヌクレオチド配列は、選択された宿主内の自己複製ベクター内に挿入されてもよく、または選択された宿主の統合ベクターであってもよい。]
[0078] そのようなベクターは、当業者によって現在使用されている方法に従って調製され、例えば、リポフェクション、エレクトロポレーション、および熱衝撃等の標準的方法によって、そこから生じるクローンを適切な宿主内に導入することが可能となる。]
[0079] 本発明によるベクターは、例えば、プラスミドまたはウイルス起源のベクターである。本発明のポリペプチドの発現のためのベクターの一例は、バキュロウイルスである。
これらのベクターは、本発明のヌクレオチド配列をクローンまたは発現するために、宿主細胞の形質転換に有用である。]
[0080] 同様に、本発明は、本発明によるベクターによって形質転換される宿主細胞を含む。
これらの細胞は、上述のようなベクター内に挿入されたヌクレオチド配列を宿主細胞内に導入し、その後、トランスフェクトされたヌクレオチド配列の複製および／または発現を可能にする条件下、該細胞を培養することによって得ることが可能である。]
[0081] 該宿主細胞は、例えば、細菌性細胞（Ｏｌｉｎｓ ａｎｄ Ｌｅｅ， １９９３）であるが、同様に、酵母細胞（Ｂｕｃｋｈｏｌｚ， １９９３）およびアラビドプシス種等の植物細胞等の原核または真核細胞系、ならびに動物細胞、特に、哺乳類細胞（例えば、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞）の培養物（Ｅｄｗａｒｄｓａｎｄ Ａｒｕｆｆｏ， １９９３）、同様に、例えば、バキュロウイルス、ｓｆ９昆虫細胞を採用する手順を使用可能な昆虫の細胞（Ｌｕｃｋｏｗ， １９９３）から選択可能である。]
[0082] 同様に、本発明の実施形態は、本発明による形質転換細胞の１つを含む、生物体に関する。
アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスの遺伝子の１つもしくは複数または該遺伝子の一部を過剰発現する本発明による遺伝子組み換え生物体の取得は、ウイルス性または非ウイルス性トランスフェクション等の、当業者に周知の方法に従って、例えば、ラット、マウス、またはウサギにおいて実行されてもよい。遍在的性質の強力なプロモーターまたは一種類の組織のために選択可能なプロモーターの制御下、該遺伝子の複数のコピーのトランスフェクションによって、該遺伝子の１つもしくは複数を過剰発現する遺伝子組み換え生物体を得ることが可能となる。同様に、胚細胞株内の相同的組み換え、これらの細胞株の胚への転移、生殖系レベルにおいて影響を受けるキメラの選択、およびキメラの成長によって、遺伝子組み換え生物体を得ることが可能となる。]
[0083] 形質転換細胞ならびに本発明による遺伝子組み換え生物体は、組み換えポリペプチドの調製のための手順において利用可能である。
今日、本発明による発現ベクターによる細胞形質転換を使用する、または本発明による遺伝子組み換え生物体を使用する遺伝子工学によって、比較的大量の組み換えポリペプチドを産生することが可能である。]
[0084] ベクター、および／または本発明によるベクターによって形質転換された細胞、ならびに／あるいは本発明による形質転換細胞の１つを含む遺伝子組み換え生物体を採用することを特徴とする組み換え形態における本発明のポリペプチドの調製のための手順はそれ自体、本発明内に含まれる。]
[0085] 本明細書で使用される、「形質転換」および「形質転換される」とは、原核または真核細胞にかかわらず細胞への核酸の導入に関する。さらに、本明細書で使用される「形質転換」および「形質転換される」とは、必ずしも増殖制御または増殖脱制御に関しない。]
[0086] 組み換え形態における本発明のポリペプチドの調製のための手順には、ベクター、および／または該ベクターによって形質転換された細胞、ならびに／あるいはアリサイクロバチルス・アシドカルダリウスのポリペプチドをコードする本発明によるヌクレオチド配列を含有する形質転換細胞の１つを含む、遺伝子組み換え生物体を採用する調製手順が含まれる。]
[0087] 本発明による変異体は、「担体」タンパク質（キメラタンパク質）に融合される組み換えポリペプチドの産生から成る場合がある。本システムの利点は、組み換え産物の安定化および／またはそのタンパク質分解の減少、生体外再生の過程における溶解度の増加、ならびに／あるいは融合パートナーが特異的リガンドに対して親和性を有する場合の精製の単純化を可能にし得ることである。]
[0088] より具体的には、本発明は、本発明のポリペプチドの調製のための手順に関し、ａ）本発明によるヌクレオチド配列の組み換えポリペプチドの発現を可能にする条件下、形質転換細胞を培養し、ｂ）必要に応じて、組み換えポリペプチドを回収するステップを含む。]
[0089] 本発明のポリペプチドの調製のための手順が、本発明による遺伝子組み換え生物体を採用する場合、該組み換えポリペプチドが、次いで、該生物体から抽出される。
また、本発明は、上述のような本発明の手順によって得ることが可能なポリペプチドに関する。]
[0090] また、本発明は、合成ポリペプチドの調製のための手順を含み、本発明によるポリペプチドのアミノ酸の配列を使用することを特徴とする。
同様に、本発明は、本発明による手順によって得られる合成ポリペプチドに関する。]
[0091] 同様に、本発明によるポリペプチドは、ペプチドの合成の分野において慣習的技術によって調製可能である。本合成は、均一溶液または固体相中で実行可能である。
例えば、Ｈｏｕｂｅｎ−Ｗｅｙｌ（１９７４）による均一溶液中の合成の技術を用いることが可能である。]
[0092] 本合成方法は、２つずつ、連続的アミノ酸を必要な順番で連続的に縮合する、あるいは前もって形成され、適切な順番でいくつかのアミノ酸を既に含有するアミノ酸および断片、または代替として、このように前もって調製されたいくつかの断片を縮合するステップから成り、ペプチドの合成において周知の方法に従って、特に、カルボキシル官能基の活性化後、通常、ペプチド結合の形成に伴うはずである、一方のアミン官能基および他方のカルボキシルまたはその反対を除き、これらのアミノ酸または断片によって担持される全反応性官能基をあらかじめ保護することが必要であることが理解されている。]
[0093] また、Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄによる技術が用いられてもよい。
Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄの手順に従って、ペプチド鎖を生成するために、非常に多孔性の高分子樹脂が用いられ、その上に鎖の第１のＣ末端アミノ酸が固定される。本アミノ酸は、そのカルボキシル基を介して、樹脂上に固定され、そのアミン官能基が、保護される。したがって、ペプチド鎖を形成しようとするアミノ酸は、次々と、既に形成されたペプチド鎖の一部のアミノ基（毎回、あらかじめ脱保護される）上に固定され、樹脂に付着される。所望のペプチド鎖全体が形成されると、ペプチド鎖を形成する異なるアミノ酸の保護基は、排除され、ペプチドは、酸の支援によって、樹脂から分離される。]
[0094] 加えて、本発明は、本発明による少なくとも１つのポリペプチドを有するハイブリッドポリペプチドと、ヒトまたは動物内の免疫反応を誘発可能なポリペプチドの配列に関する。]
[0095] 有利には、抗原決定基は、液性応答および／または細胞性応答を誘発可能なものである。
そのような決定基は、複数のエピトープに対する抗体の合成を誘発可能な免疫原性組成を得ることを目的として使用される、グリコシル化、ペグ化、および／または別様に翻訳後に修飾された形態における本発明によるポリペプチドを含むことが可能となる。]
[0096] これらのハイブリッド分子は、一部には、本発明によるポリペプチド担体分子またはその断片から形成可能であって、可能性としては、免疫原性部分、特に、ジフテリア毒素、破傷風毒素、Ｂ型肝炎ウイルスの表面抗原（特許第ＦＲ ７９ ２１８１１号）、ポリオウイルスのＶＰ１抗原、もしくは任意の他のウイルス性または細菌性毒素あるいは抗原のエピトープに付随する。]
[0097] ハイブリッド分子の合成のための手順は、求めたポリペプチド配列をコードするハイブリッドヌクレオチド配列を構築するために、遺伝子工学で使用される方法を包含する。例えば、有利には、Ｍｉｎｔｏｎ（１９８４）による融合タンパク質をコードする遺伝子の取得のための技術を参照することが可能となる。]
[0098] 同様に、ハイブリッドポリペプチド、ならびにハイブリッドヌクレオチド配列の発現によって得られる組み換えポリペプチドであることを特徴とする本発明によるハイブリッドポリペプチドをコードするハイブリッドヌクレオチド配列も、本発明の一部である。]
[0099] 同様に、本発明は、ハイブリッドヌクレオチド配列の１つを含有することを特徴とするベクターを含む。同様に、ベクターによって形質転換された宿主細胞、形質転換細胞の１つを含む遺伝子組み換え生物体、ならびにベクター、形質転換細胞および／または遺伝子組み換え生物体を使用する組み換えポリペプチドの調製のための手順も、当然ながら、本発明の一部である。]
[0100] 本発明によるポリペプチド、後述の本発明による抗体、および本発明によるヌクレオチド配列は、有利には、それらを含有可能な試料中において、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスの検出および／または同定のための手順において採用可能である。ポリペプチドの特異性、使用される本発明による抗体、ヌクレオチド配列に従う、これらの手順は、特に、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスを検出および／または同定可能であるだろう。]
[0101] 本発明によるポリペプチドは、有利には、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスを含有可能な試料中のアリサイクロバチルス・アシドカルダリウスの検出および／または同定のための手順において採用可能であって、該手順が、ａ）該試料を本発明によるポリペプチドまたはその断片の１つと接触させるステップ（ポリペプチドと、可能性として生物学的試料内に存在する抗体との間の免疫反応を可能にする条件下）と、ｂ）可能性として形成される抗原−抗体複合体を示すステップと、を含むことを特徴とする。]
[0102] 従来のあらゆる手順が、可能性として形成される抗原−抗体複合体のそのような検出を実行するために採用可能である。
一例として、好ましい方法は、ＥＬＩＳＡ技術、免疫蛍光法、または放射性免疫分析プロセス（ＲＩＡ）、あるいはそれらの同等物による、免疫酵素プロセスを利用する。]
[0103] したがって、同様に、本発明は、酵素、蛍光、または放射性型等の適切な標識の支援によって標識される、本発明によるポリペプチドに関する。
そのような方法は、例えば、本発明による所定量のポリペプチド組成をマイクロタイタープレートのウェル内に堆積させ、分析される増加希釈度の血清または上述で定義されたもの以外の生物学的試料をウェル内に導入し、マイクロプレートをインキュベートし、ブタ免疫グロブリンに対する標識抗体をマイクロタイタープレートのウェル内に導入し、これらの抗体の標識化が、少なくとも、所定の波長、例えば、５５０ｎｍにおいて、後者の放射線の吸収を調節することによって、基質を加水分解可能なものから選択される酵素の支援によって実行され、対照試験と比較することによって、加水分解された基質の量を検出するステップを含む。]
[0104] 本発明によるポリペプチドは、本発明によるポリペプチドを特異的に認識することを特徴とするモノクローナルまたはポリクローナル抗体を調製可能である。有利には、Ｋｏｈｌｅｒ ａｎｄ Ｍｉｌｓｔｅｉｎ（１９７５）による技術に従って、ハイブリドーマからモノクローナル抗体を調製することが可能となる。例えば、本発明に従って、免疫反応のアジュバントに付随するポリペプチドまたはＤＮＡを動物、特に、マウスに免疫付与し、その後、抗原としての役割を果たすポリペプチドがあらかじめ固定されている親和性カラムで免疫動物の血清内に含有される特異的抗体を精製することによって、ポリクローナル抗体を調製することが可能となる。また、本発明によるポリクローナル抗体は、本発明に従って、本発明によるポリペプチドがあらかじめ固定された親和性カラム上で、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウス、またはポリペプチド、あるいは断片によって免疫的に攻撃誘発された動物の血清内に含有される抗体を精製することによって、調製可能である。]
[0105] 同様に、本発明は、モノクローナルまたはポリクローナル抗体、あるいはそれらの断片、あるいはキメラ抗体に関し、これらが、本発明によるポリペプチドを特異的に認識可能であることを特徴とする。]
[0106] 同様に、本発明の抗体は、酵素、蛍光、または放射性型の標識等、本発明の核酸プローブに関する上述と同様に標識することが可能となる。
加えて、本発明は、試料中のアリサイクロバチルス・アシドカルダリウスの検出および／または同定のための手順を対象とし、該手順が、ａ）本発明によりモノクローナルまたはポリクローナル抗体と試料を接触させ（抗体と、生物学的試料中に可能性として存在するアリサイクロバチルス・アシドカルダリウスのポリペプチドとの間の免疫反応を可能にする条件下）、ｂ）可能性として形成される抗原−抗体複合体を示すステップを含むことを特徴とする。]
[0107] 同様に、本発明は、試料中のアリサイクロバチルス・アシドカルダリウスの検出および／または同定のための手順に関し、該手順が、本発明によるヌクレオチド配列を採用することを特徴とする。]
[0108] より具体的には、本発明は、試料中のアリサイクロバチルス・アシドカルダリウスの検出および／または同定のための手順に関し、該手順が、ａ）必要に応じて、分析される試料からＤＮＡを単離し、ｂ）本発明により少なくとも１つのプライマーまたはプライマー対の支援によって、試料のＤＮＡを特異的に増幅し、ｃ）増幅産物を示すステップを含むことを特徴とする。]
[0109] これらは、例えば、本発明による核プローブを利用する分子ハイブリダイゼーションの技術によって、検出可能である。本プローブは、有利には、非放射性（コールドプローブ）または放射性要素によって標識される。]
[0110] 本発明の目的において、「生物学的試料のＤＮＡ」または「生物学的試料内に含有されるＤＮＡ」は、検討される生物学的試料中に存在するＤＮＡ、あるいは可能性として、生物学的試料中に存在するＲＮＡに対する逆転写型の酵素の作用後に得られるｃＤＮＡを意味するものとして理解されたい。]
[0111] 本発明のさらなる実施形態は、一方法を含み、該方法が、ａ）必要に応じて、あらかじめハイブリダイゼーションに感受性をもたせた生物学的試料（生物学的試料中に含有されるＤＮＡ）と、プローブを試料のＤＮＡとハイブリダイゼーション可能な条件下、本発明によるヌクレオチドプローブを接触させ、ｂ）該ヌクレオチドプローブと該生物学的試料のＤＮＡとの間に形成されるハイブリッドを示すステップを含むことを特徴とする。]
[0112] また、本発明は、本発明による手順に関し、該手順が、ａ）本発明に従って、必要に応じて、あらかじめハイブリダイゼーションに感受性をもたせた生物学的試料（試料のＤＮＡ）と、該試料のＤＮＡとヌクレオチドプローブのハイブリダイゼーションを可能にする条件下、支持体上に固定されたヌクレオチドプローブを接触させ、ｂ）必要に応じて、該プローブとハイブリダイズされていない生物学的試料のＤＮＡの排除後、支持体上に固定されたヌクレオチドプローブと、生物学的試料内に含有されるＤＮＡとの間に形成されるハイブリッドを、本発明に従って標識されたヌクレオチドプローブと接触させ、ｃ）ステップｂ）で形成された新規ハイブリッドを示すステップを含むことを特徴とする。]
[0113] 上述で定義された検出および／または同定のための手順の有利な実施形態によると、これは、ステップａ）に先立って、まず、該生物学的試料のＤＮＡが、本発明による少なくとも１つのプライマーの支援によって増幅されることを特徴とする。]
[0114] 本発明のさらなる実施形態は、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基を少なくとも部分的に分解、開裂、および／または除去する方法を含む。これらの構造の分解、開裂、および／または除去は、Ｍｉｅｌｅｎｚ（２００１）、Ｊｅｆｆｒｉｅｓ（１９９６）、Ｓｈａｌｌｏｍ ａｎｄ Ｓｈｏｈａｍ（２００３）、Ｌｙｎｄ ｅｔ ａｌ．（２００２）、Ｖｉｅｉｌｌｅ ａｎｄ Ｚｅｉｋｕｓ（２００１）、Ｂｅｒｔｏｌｄｏ ｅｔ ａｌ．（２００４）、および／またはＭａｌｈｅｒｂｅ ａｎｄ Ｃｌｏｅｔｅ（２００２）に記載されるような技術上認識された有用性を有する。]
[0115] 方法の実施形態は、配列番号２、１９、５２、６９、８６、１０２、１１９、１３６、１５３、１６８、１８５、２０２、２１９、２３６、２５３、２７０、２８７、３０４、３２１、３３７、３５４、３７１、３８８、４０５、４２２、または４３９に対して少なくとも９０％の配列同一性、配列番号４６２に対して少なくとも９３％の配列同一性、配列番号３６に対して少なくとも９４％の配列同一性、配列番号４６０に対して少なくとも９６％の配列同一性、配列番号４６４に対して少なくとも９９％の配列同一性、配列番号４５８に対して少なくとも９９．６％の配列同一性、ならびに配列番号４５６に対して少なくとも９９．７％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択される組み換え、精製、および／または単離されたポリペプチドを、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基と流体接触させるステップを含む。]
[0116] 方法のさらなる実施形態は、配列番号２、１９、５２、６９、８６、１０２、１１９、１３６、１５３、１６８、１８５、２０２、２１９、２３６、２５３、２７０、２８７、３０４、３２１、３３７、３５４、３７１、３８８、４０５、４２２、または４３９に対して少なくとも９０％の配列同一性、配列番号３６に対して少なくとも９４％の配列同一性、配列番号４６０に対して少なくとも９６％の配列同一性、配列番号４６４に対して少なくとも９９％の配列同一性、配列番号４５８に対して少なくとも９９．６％の配列同一性、ならびに配列番号４５６に対して少なくとも９９．７％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択される組み換え、精製、および／または単離されたポリペプチドを産生またはコードする細胞を、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基と流体接触させるステップを含む。]
[0117] 本明細書で使用される「部分的に分解する」とは、標的構造における化学結合の転位または開裂に関する。
付加的実施形態では、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基を少なくとも部分的に分解、開裂、および／または除去する方法は、摂氏約２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、および／または９５度以上の温度、ならびに／あるいは７、６、５、４、３、２、１、および／または０以下および／または以上のｐＨで生じ得る。]
[0118] 本発明のさらなる実施形態は、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基を少なくとも部分的に分解、開裂、および／または除去するためのキットを含んでもよく、該キットは、配列番号２、１９、５２、６９、８６、１０２、１１９、１３６、１５３、１６８、１８５、２０２、２１９、２３６、２５３、２７０、２８７、３０４、３２１、３３７、３５４、３７１、３８８、４０５、４２２、または４３９に対して少なくとも９０％の配列同一性、配列番号４６２に対して少なくとも９３％の配列同一性、配列番号３６に対して少なくとも９４％の配列同一性、配列番号４６０に対して少なくとも９６％の配列同一性、配列番号４６４に対して少なくとも９９％の配列同一性、配列番号４５８に対して少なくとも９９．６％の配列同一性、ならびに配列番号４５６に対して少なくとも９９．７％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択される組み換え、精製、および／または単離されたポリペプチド、ならびに／あるいは配列番号２、１９、５２、６９、８６、１０２、１１９、１３６、１５３、１６８、１８５、２０２、２１９、２３６、２５３、２７０、２８７、３０４、３２１、３３７、３５４、３７１、３８８、４０５、４２２、または４３９に対して少なくとも９０％の配列同一性、配列番号４６２に対して少なくとも９３％の配列同一性、配列番号３６に対して少なくとも９４％の配列同一性、配列番号４６０に対して少なくとも９６％の配列同一性、配列番号４６４に対して少なくとも９９％の配列同一性、配列番号４５８に対して少なくとも９９．６％の配列同一性、ならびに配列番号４５６に対して少なくとも９９．７％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択される組み換え、精製、および／または単離されたポリペプチドとを産生またはコードする細胞を含む。]
[0119] 本発明は、以下の例示的実施例において、さらに詳細に記載される。実施例は、本発明の選択された実施形態のみを表し得るが、以下の実施例は、例示的なものであって、制限的なものではないことを理解されたい。]
[0120] 本発明の実施形態では、本発明による単離および／または精製されたポリペプチドの任意の１つは、摂氏約２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、および／または９５度以上の温度で酵素的に活性であってもよく、ならびに／あるいは７、６、５、４、３、２、１、および／または０以下および／または以上のｐＨで酵素的に活性であってもよい。本発明のさらなる実施形態では、グリコシル化、ベグ化、および／または他の翻訳後修飾は、本発明による単離および／または精製されたポリペプチドが、７、６、５、４、３、２、１、および／または０以下のｐＨ、あるいは摂氏約２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、および／または９５度以上の温度で酵素的に活性になるのに必要としてもよい。]
[0121] 実施例１：ＲＡＡＣ００１６９：α−βヒドロラーゼスーパーファミリーのエステラーゼ
配列番号１で提供されるのは、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスから単離された、配列番号２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列である。図１Ａおよび１Ｂにおいて分かるように、配列番号２は、α−βヒドロラーゼスーパーファミリーのエステラーゼとして同定された他のタンパク質と十分に整合する。特に重要なこととして、アミノ酸が他のα−βヒドロラーゼスーパーファミリーの他のエステラーゼ内に保存される場合、それらのアミノ酸が、概して、配列番号２内に保存されることに留意されたい。したがって、配列番号２内に提供されるポリペプチドは、α−βヒドロラーゼスーパーファミリーのエステラーゼとして適切に分類される。] 図１Ａ
[0122] 配列番号１３〜１７のポリペプチドは、配列番号２のポリペプチドにおける同類置換の代表的な例であって、それぞれ、配列番号８〜１２のヌクレオチド配列によってコードされる。]
[0123] 配列番号１および８〜１２のヌクレオチド配列は、当該分野において標準的技術を使用して、発現ベクター内に配置される。その後、該ベクターは、細菌性細胞等の細胞、あるいはＳｆ９細胞またはＣＨＯ細胞等の真核細胞に提供される。細胞内に存在する正常機構と連動して、配列番号１および８〜１２を含むベクターは、配列番号２および１３〜１７のポリペプチドを産生する。その後、配列番号２および１３〜１７のポリペプチドは、単離および／または精製される。その後、配列番号２および１３〜１７の単離および／または精製されたポリペプチドは、エステラーゼとしての活性を有するものとして示される。]
[0124] 配列番号２および１３〜１７の単離および／または精製ポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−、グルカン−、ガラクタン、および／またはマンナン−装飾基によって攻撃誘発される。配列番号２および１３〜１７の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基の少なくとも部分的な分解、開裂、および／または除去における活性を有するものとして示される。]
[0125] 実施例２：ＲＡＡＣ００５０１：α−βヒドロラーゼ
配列番号１８で提供されるのは、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスから単離された、配列番号１９のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列である。図２Ａおよび２Ｂにおいて分かるように、配列番号１９は、α−βヒドロラーゼとして同定された他のタンパク質と十分に整合する。特に重要なこととして、アミノ酸が他のα‐βヒドロラーゼ内に保存される場合、それらのアミノ酸が、概して、配列番号１９内に保存されることに留意されたい。したがって、配列番号１９内に提供されるポリペプチドは、α‐βヒドロラーゼとして適切に分類される。] 図２Ａ
[0126] 配列番号３０〜３４のポリペプチドは、配列番号１９のポリペプチドにおける同類置換の代表的な例であって、それぞれ、配列番号２５〜２９のヌクレオチド配列によってコードされる。]
[0127] 配列番号１８および２５〜２９のヌクレオチド配列は、当該分野における標準的技術を使用して、発現ベクター内に配置される。その後、該ベクターは、細菌性細胞等の細胞、あるいはＳｆ９細胞またはＣＨＯ細胞等の真核細胞に提供される。細胞内に存在する正常機構と連動して、配列番号１８および２５〜２９を含むベクターは、配列番号１９および３０〜３４のポリペプチドを産生する。その後、配列番号１９および３０〜３４のポリペプチドは、単離および／または精製される。その後、配列番号１９および３０〜３４の単離および／または精製されたポリペプチドは、α−βヒドロラーゼとしての活性を有するものとして示される。]
[0128] 配列番号１９および３０〜３４の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−、グルカン−、ガラクタン、および／またはマンナン−装飾基によって攻撃誘発される。配列番号１９および３０〜３４の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基の少なくとも部分的な分解、開裂、および／または除去における活性を有するものとして示される。]
[0129] 実施例３：ＲＡＡＣ００５６８：α−グルコシダーゼ
配列番号３５で提供されるのは、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスから単離された、配列番号３６のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列である。図３Ａ、３Ｂ、および３Ｃにおいて分かるように、配列番号３６は、α−グルコシダーゼとして同定された他のタンパク質と十分に整合する。特に重要なこととして、アミノ酸が他のα−グルコシダーゼ内に保存される場合、それらのアミノ酸が、概して、配列番号３６内に保存されることに留意されたい。したがって、配列番号３６内に提供されるポリペプチドは、α−グルコシダーゼとして適切に分類される。] 図３Ａ
[0130] 配列番号４６〜５０のポリペプチドは、配列番号３６のポリペプチドにおける同類置換の代表的な例であって、それぞれ、配列番号４１〜４５のヌクレオチド配列によってコードされる。]
[0131] 配列番号３５および４１〜４５のヌクレオチド配列は、当該分野における標準的技術を使用して、発現ベクター内に配置される。その後、ベクターは、細菌性細胞等の細胞、あるいはＳｆ９細胞またはＣＨＯ細胞等の真核細胞に提供される。細胞内に存在する正常機構と連動して、配列番号３５および４１〜４５を含むベクターは、配列番号３６および４６〜５０のポリペプチドを産生する。その後、配列番号３６および４６〜５０のポリペプチドは、単離および／または精製される。その後、配列番号３６および４６〜５０の単離および／または精製されたポリペプチドは、α−グルコシダーゼとしての活性を有するものとして示される。]
[0132] 配列番号３６および４６〜５０の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基によって攻撃誘発される。配列番号３６および４６〜５０の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基の少なくとも部分的な分解、開裂、および／または除去における活性を有するものとして示される。]
[0133] 実施例４：ＲＡＡＣ００５６８(α−グルコシダーゼ)の産生および精製
配列番号３５のヌクレオチド配列を、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスからクローン化した。配列番号３５は、配列番号３６のポリペプチドをコードする。配列番号３５は、Ｅ．ｃｏｌｉのためのｐＢＡＤ／ＨＩＳ Ａ発現ベクターおよびＰ． ｐａｓｔｏｒｉｓのためのｐＰＩＣ６αＡ発現ベクターにクローン化し、コンピテント細胞のＥ．ｃｏｌｉおよびＰ． ｐａｓｔｏｒｉｓ内に、それぞれ、エレクトロポレーションおよび熱衝撃を介して、導入した。配列番号３６の発現は、配列番号３５を含む形質転換Ｅ．ｃｏｌｉおよびＰ． ｐａｓｔｏｒｉｓの両方から検出し、ＲＡＡＣ００５６８は、コバルト樹脂を使用して、活性試験のためにこれらの源から親和性精製した。]
[0134] 実施例５：ＲＡＡＣ００５６８のα−グルコシダーゼ活性
Ｐ．ｐａｓｔｏｒｉｓから精製したＲＡＡＣ００５６８を、以下に要約されるアッセイを使用して、α−グルコシダーゼ活性に対して試験した。]
[0135] α−グルコピラノシド−ｐ−ニトロフェノール（Ｓｉｇｍａ Ｃａｔ．Ｎｏ Ｎ１３７７）の原液は、９０．３７５ｍｇを１０ｍＬの水に添加することによって調製した。この原液をｐＨ２．０、３．５、および５．５の５０ｍＭ酢酸ナトリウム緩衝液によって、１：１５に希釈した。]
[0136] 実施例４で生成された精製ＲＡＡＣ００５６８の試料を、５０ｍＭ酢酸ナトリウム緩衝液ｐＨ２．０、３．５、および５．５中で１：５、１：１０、１：２０、および１：５０に希釈した。試料（ＲＡＡＣ００５６８試料および陽性対照）を、１０μＬアリコートとして、９６ウェルプレートのウェルに配置した。緩衝液のみの空試料を、いくつかのウェルに配置した。その後、摂氏６０または８０度に予加熱した１９０μＬのα−グルコピラノシド−ｐ−ニトロフェノール溶液を各細胞に添加し、さらに１０分間、摂氏６０または８０度で、プレートをさらにインキュベートした。その後、１００μＬの２Ｍ炭酸ナトリウムを各ウェルに添加し、α−グルコシダーゼ活性を、４０５ｎｍの波長において９６ウェルプレートリーダー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ ＵＶ−Ｖｉｓ）で測定した。]
[0137] 決定されたＲＡＡＣ００５６８の特異的活性を表１に示す。]
[0138] ]
[0139] 実施例６：ＲＡＡＣ００５６８のα−キシロシダーゼ活性
Ｐ．ｐａｓｔｏｒｉｓから精製したＲＡＡＣ００３０７を、以下に要約される蛍光アッセイを使用して、キシロシダーゼ活性に対して試験した。]
[0140] α−キシロピラノシドｐ−ニトロフェノール（Ｓｉｇｍａ Ｃａｔ．Ｎｏ Ｎ１８９５）の溶液は、５０ｍｇα−キシロピラノシドｐ−ニトロフェノールを２ｍＬメタノール中で希釈することによって生成した。その後、本溶液の個々のアリコートを、ｐＨ２．０、３．５、および５．５の５０ｍＭ酢酸ナトリウム緩衝液によって、１：５０に希釈した。]
[0141] 実施例５で生成された精製ＲＡＡＣ００５６８の試料を、５０ｍＭ酢酸ナトリウム緩衝液ｐＨ２．０、３．５、および５．５中で１：５、１：１０、１：２０、および１：５０に希釈した。試料（ＲＡＡＣ００５６８試料および陽性対照）を、１０μＬアリコートとして、９６ウェルプレートのウェルに配置した。緩衝液のみの空試料を、いくつかのウェルに配置した。その後、摂氏６０または８０度に予加熱した１９０μＬのα−キシロピラノシド溶液を各細胞に添加し、さらに１０分間、摂氏６０または８０度で、プレートをさらにインキュベートした。その後、１００μＬの２．０Ｍ炭酸ナトリウムを各ウェルに添加し、α−キシロシダーゼ活性を、４０５ｎｍの波長において９６ウェルプレートリーダー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ ＵＶ−Ｖｉｓ）で測定した。]
[0142] 決定されたＲＡＡＣ００５６８の特異的活性を表２に示す。]
[0143] ]
[0144] 実施例７：ＲＡＡＣ００５９４
配列番号５１で提供されるのは、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスから単離された、配列番号５２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列である。図４Ａ、４Ｂ、および４Ｃにおいて分かるように、配列番号５２は、α−キシロシダーゼとして同定された他のタンパク質と十分に整合する。特に重要なこととして、アミノ酸が他のα−キシロシダーゼ内に保存される場合、それらのアミノ酸が、概して、配列番号５２内に保存されることに留意されたい。] 図４Ａ
[0145] 配列番号６３〜６７のポリペプチドは、配列番号５２のポリペプチドにおける同類置換の代表的な例であって、それぞれ、配列番号５８〜６２のヌクレオチド配列によってコードされる。]
[0146] 配列番号５１および５８〜６２のヌクレオチド配列は、当該分野における標準的技術を使用して、発現ベクター内に配置される。その後、該ベクターは、細菌性細胞等の細胞、あるいはＳｆ９細胞またはＣＨＯ細胞等の真核細胞に提供される。細胞内に存在する正常機構と連動して、配列番号５１および５８〜６２を含むベクターは、配列番号５２および６３〜６７のポリペプチドを産生する。その後、配列番号５２および６３〜６７のポリペプチドは、単離および／または精製される。]
[0147] 実施例８：ＲＡＡＣ００５９４の産生および精製
配列番号５１のヌクレオチド配列を、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスからクローン化した。配列番号５１は、配列番号５２のポリペプチドをコードする。配列番号５１をＥ．ｃｏｌｉのためのｐＢＡＤ／ＨＩＳ Ａ発現ベクターにクローン化し、エレクトロポレーションを介して、コンピテント細胞のＥ．ｃｏｌｉ内にそれぞれ導入した。配列番号５２の発現は、配列番号５１を含む形質転換Ｅ．ｃｏｌｉから検出し、ＲＡＡＣ００５９４は、コバルト樹脂を使用して、活性試験のためにこれらの源から親和性精製した。]
[0148] 実施例９：ＲＡＡＣ００６０２：α−Ｌ−アラビノフラノシダーゼ
配列番号６８で提供されるのは、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスから単離された、配列番号６９のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列である。図５Ａおよび５Ｂにおいて分かるように、配列番号６９は、α−Ｌ−アラビノフラノシダーゼとして同定された他のタンパク質と十分に整合する。特に重要なこととして、アミノ酸が他のα−Ｌ−アラビノフラノシダーゼ内に保存される場合、それらのアミノ酸が、概して、配列番号６９内に保存されることに留意されたい。したがって、配列番号６９内に提供されるポリペプチドは、α−Ｌ−アラビノフラノシダーゼとして適切に分類される。] 図５Ａ
[0149] 配列番号８０〜８４のポリペプチドは、配列番号６９のポリペプチドにおける同類置換の代表的な例であって、それぞれ、配列番号７５〜７９のヌクレオチド配列によってコードされる。]
[0150] 配列番号６８および７５〜７９のヌクレオチド配列は、当該分野における標準的技術を使用して、発現ベクター内に配置される。その後、該ベクターは、細菌性細胞等の細胞、あるいはＳｆ９細胞またはＣＨＯ細胞等の真核細胞に提供される。細胞内に存在する正常機構と連動して、配列番号６８および７５〜７９を含むベクターは、配列番号６９および８０〜８４のポリペプチドを産生する。その後、配列番号６９および８０〜８４のポリペプチドは、単離および／または精製される。その後、配列番号６９および８０〜８４の単離および／または精製ポリペプチドは、α−Ｌ−アラビノフラノシダーゼとしての活性を有するものとして示される。]
[0151] 配列番号６９および８０〜８４の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基によって攻撃誘発される。配列番号６９および８０〜８４の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基の少なくとも部分的な分解、開裂、および／または除去における活性を有するものとして示される。]
[0152] 実施例１０：ＲＡＡＣ００６０２(α−Ｌ−アラビノフラノシダーゼ)の産生および精製
配列番号６８のヌクレオチド配列を、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスからクローン化した。配列番号６８は、配列番号６９のポリペプチドをコードする。配列番号６８をＥ．ｃｏｌｉのためのｐＢＡＤ／ＨＩＳ Ａ発現ベクターにクローン化し、エレクトロポレーションを介して、コンピテント細胞のＥ．ｃｏｌｉ内にそれぞれ導入した。配列番号６９の発現は、配列番号６８を含む形質転換Ｅ．ｃｏｌｉから検出し、ＲＡＡＣ００６０２は、コバルト樹脂を使用して、活性試験のためにこれらの源から親和性精製した。]
[0153] 実施例１１：ＲＡＡＣ００６０２のα−Ｌ−アラビノフラノシダーゼ活性
Ｅ．ｃｏｌｉから精製したＲＡＡＣ００６０２を、以下に要約されるアッセイを使用して、α−Ｌ−アラビノフラノシダーゼ活性に対して試験した。]
[0154] α−アラビノフラノシドｐ−ニトロフェノール（Ｓｉｇｍａ Ｃａｔ．Ｎｏ Ｎ３６４１）の溶液は、２７１．２ｍｇ α−アラビノフラノシドｐ−ニトロフェノールを１０ｍＬメタノール中で希釈することによって生成した。その後、この溶液の個々のアリコートを、ｐＨ２．０および３．５の５０ｍＭ酢酸ナトリウム緩衝液によって、１：５０に希釈した。]
[0155] 実施例１０で生成された精製ＲＡＡＣ００６０２の試料を、５０ｍＭ酢酸ナトリウム緩衝液ｐＨ２．０および３．５中で１：５、１：１０、１：２０、および１：５０に希釈した。試料（ＲＡＡＣ００６０２試料および陽性対照）を、１０μＬアリコートとして、９６ウェルプレートのウェルに配置した。緩衝液のみの空試料を、いくつかのウェルに配置した。その後、摂氏６０または８０度に予加熱した１９０μＬのα−アラビノフラノシドｐ−ニトロフェノール溶液を各細胞に添加し、さらに１０分間、摂氏６０または８０度で、プレートをさらにインキュベートした。その後、１００μＬの２．０Ｍ炭酸ナトリウムを各ウェルに添加し、α−キシロシダーゼ活性を、４０５ｎｍの波長において９６ウェルプレートリーダー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ ＵＶ−Ｖｉｓ）で測定した。]
[0156] 決定されたＲＡＡＣ００６９２の特異的活性を表３に示す。]
[0157] ]
[0158] 実施例１２：ＲＡＡＣ００６０２のβ−キシロシダーゼ活性
Ｅ．ｃｏｌｉおよびＰ． ｐａｓｔｏｒｉｓから精製したＲＡＡＣ００６０２を、以下に要約される蛍光アッセイを使用して、β−キシロシダーゼ活性に対して試験した。]
[0159] ＭＵＸｙｌ（４−メチルウンベリフェリルβ−Ｄ−キシロピラノシド）（Ｓｉｇｍａ Ｍ７００８−１Ｇ ＣＡＳ ＃ ６７３４−３３−４）の溶液は、１０ｍｇ（０．０１ｇ） ＭＵＸｙｌを１ｍＬジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）中で希釈することによって生成した。その後、ＤＭＳＯ溶液の個々のアリコートを、ｐＨ２．０および３．５の５０ｍＭ酢酸ナトリウム緩衝液によって、１：１００に希釈した。]
[0160] 実施例１０で生成された精製ＲＡＡＣ００６０２の試料を、５０ｍＭ酢酸ナトリウム緩衝液ｐＨ２．０および３．５中で１：５、１：１０、１：２０、ならびに１：５０に希釈した。Ａ ｎｉｇｅｒ（Ｓｉｇｍａ Ｘ３５０１−５ＵＮ− ＣＡＳ ＃ ９０２５−５３０）由来β−キシロシダーゼを、陽性対照として、５０ｍＭ酢酸ナトリウム緩衝液ｐＨ２．０および３．５中で１：１００に希釈した。試料（ＲＡＡＣ００６０２試料および陽性対照）を、５０μＬアリコートとして、９６ウェルプレートのウェルに配置した。緩衝液のみの空試料を、いくつかのウェルに配置した。その後、プレートを、５分間、摂氏６０または８０度に予加熱した。その後、１０μＬのＭＵＸｙｌ溶液を各細胞に添加し、さらに１０分間、摂氏６０または８０度で、プレートをさらにインキュベートした。その後、１００μＬの０．５Ｍ炭酸ナトリウムを各ウェルに添加し、β−キシロシダーゼ活性を、励起３５５および放出４６０において、９６ウェルプレートリーダー（ＳｐｅｃｔｒａＭＡＸ Ｇｅｍｉｎｉ）で測定した。決定されたＲＡＡＣ００６０２の特異的活性を表４に示す。]
[0161] ]
[0162] 実施例１３：ＲＡＡＣ００７９８：細胞壁関連ヒドロラーゼ
配列番号８５で提供されるのは、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスから単離された、配列番号８６のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列である。図６Ａおよび６Ｂにおいて分かるように、配列番号８６は、細胞壁関連ヒドロラーゼとして同定された他のタンパク質と十分に整合する。特に重要なこととして、アミノ酸が他の細胞壁関連ヒドロラーゼ内に保存される場合、それらのアミノ酸が、概して、配列番号８６内に保存されることに留意されたい。したがって、配列番号８６内に提供されるポリペプチドは、細胞壁関連ヒドロラーゼとして適切に分類される。] 図６Ａ
[0163] 配列番号９６〜１００のポリペプチドは、配列番号８６のポリペプチドにおける同類置換の代表的な例であって、それぞれ、配列番号９１〜９５のヌクレオチド配列によってコードされる。]
[0164] 配列番号８５および９１〜９５のヌクレオチド配列は、当該分野における標準的技術を使用して、発現ベクター内に配置される。その後、該ベクターは、細菌性細胞等の細胞、あるいはＳｆ９細胞またはＣＨＯ細胞等の真核細胞に提供される。細胞内に存在する正常機構と連動して、配列番号８５および９１〜９５を含むベクターは、配列番号８６および９６〜１００のポリペプチドを産生する。その後、配列番号８６および９６〜１００のポリペプチドは、単離および／または精製される。その後、配列番号８６および９６〜１００の単離および／または精製されたポリペプチドは、細胞壁関連ヒドロラーゼとしての活性を有するものとして示される。]
[0165] 配列番号８６および９６〜１００の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基によって攻撃誘発される。配列番号８６および９６〜１００の単離および／または精製ポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基の少なくとも部分的な分解、開裂、および／または除去における活性を有するものとして示される。]
[0166] 実施例１４：ＲＡＡＣ０１０７６：アルトロナートヒドロラーゼ
配列番号１０１で提供されるのは、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスから単離された、配列番号１０２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列である。図７Ａおよび７Ｂにおいて分かるように、配列番号１０２は、アルトロナートヒドロラーゼとして同定された他のタンパク質と十分に整合する。特に重要なこととして、アミノ酸が他のアルトロナートヒドロラーゼ内に保存される場合、それらのアミノ酸が、概して、配列番号１０２内に保存されることに留意されたい。したがって、配列番号１０２内に提供されるポリペプチドは、アルトロナートヒドロラーゼとして適切に分類される。] 図７Ａ
[0167] 配列番号１１３〜１１７のポリペプチドは、配列番号１０２のポリペプチドにおける同類置換の代表的な例であって、それぞれ、配列番号１０８〜１１２のヌクレオチド配列によってコードされる。]
[0168] 配列番号１０１および１０８〜１１２のヌクレオチド配列は、当該分野における標準的技術を使用して、発現ベクター内に配置される。その後、該ベクターは、細菌性細胞等の細胞、あるいはＳｆ９細胞またはＣＨＯ細胞等の真核細胞に提供される。細胞内に存在する正常機構と連動して、配列番号１０１および１０８〜１１２を含むベクターは、配列番号１０２および１１３〜１１７のポリペプチドを産生する。その後、配列番号１０２および１１３〜１１７のポリペプチドは、単離および／または精製される。その後、配列番号１０２および１１３〜１１７の単離および／または精製されたポリペプチドは、アルトロナートヒドロラーゼとしての活性を有するものとして示される。]
[0169] 配列番号１０２および１１３〜１１７の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基によって攻撃誘発される。配列番号１０２および１１３〜１１７の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基の少なくとも部分的な分解、開裂、および／または除去における活性を有するものとして示される。]
[0170] 実施例１５：ＲＡＡＣ０４３４１
配列番号１１８で提供されるのは、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスから単離された、配列番号１１９のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列である。図８Ａおよび８Ｂにおいて分かるように、配列番号１１９は、セルラーゼ／エンドグルカナーゼＭとして同定されたタンパク質と十分に整合する。特に重要なこととして、アミノ酸が他のセルラーゼ／エンドグルカナーゼＭ内に保存される場合、それらのアミノ酸が、概して、配列番号１１９内に保存されることに留意されたい。] 図８Ａ
[0171] 配列番号１３０〜１３４のポリペプチドは、配列番号１１９のポリペプチドにおける同類置換の代表的な例であって、それぞれ、配列番号１２５〜１２９のヌクレオチド配列によってコードされる。]
[0172] 配列番号１１８および１２５〜１２９のヌクレオチド配列は、当該分野における標準的技術を使用して、発現ベクター内に配置される。その後、該ベクターは、細菌性細胞等の細胞、あるいはＳｆ９細胞またはＣＨＯ細胞等の真核細胞に提供される。細胞内に存在する正常機構と連動して、配列番号１１８および１２５〜１２９を含むベクターは、配列番号１１９および１３０〜１３４のポリペプチドを産生する。その後、配列番号１１９および１３０〜１３４のポリペプチドは、単離および／または精製される。]
[0173] 配列番号１１９および１３０〜１３４の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基によって攻撃誘発される。配列番号１１９および１３０〜１３４の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基の少なくとも部分的な分解、開裂、および／または除去における活性を有するものとして示される。]
[0174] 実施例１６：ＲＡＡＣ０４３４１の産生および精製
配列番号１１８のヌクレオチド配列を、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスからクローン化した。配列番号１１８は、配列番号１１９のポリペプチドをコードする。配列番号１１８は、Ｅ．ｃｏｌｉのためのｐＢＡＤ／ＨＩＳ Ａ発現ベクターおよびＰ． ｐａｓｔｏｒｉｓのためのｐＰＩＣ６αＡ発現ベクターにクローン化し、コンピテント細胞のＥ．ｃｏｌｉおよびＰ． ｐａｓｔｏｒｉｓ内に、それぞれ、エレクトロポレーションおよび熱衝撃を介して、導入した。配列番号１１９の発現は、配列番号１１８を含む形質転換Ｅ．ｃｏｌｉおよびＰ． ｐａｓｔｏｒｉｓの両方から検出し、ＲＡＡＣ０４３４１は、コバルト樹脂を使用して、活性試験のためにこれらの源から親和性精製した。]
[0175] 実施例１７：ＲＡＡＣ０４３４２
配列番号１３５で提供されるのは、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスから単離された、配列番号１３６のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列である。図９Ａおよび９Ｂにおいて分かるように、配列番号１３６は、セルラーゼ／エンドグルカナーゼＭとして同定された他のタンパク質と十分に整合する。特に重要なこととして、アミノ酸が他のセルラーゼ／エンドグルカナーゼＭ内に保存される場合、それらのアミノ酸が、概して、配列番号１３６内に保存されることに留意されたい。] 図９Ａ
[0176] 配列番号１４７〜１５１のポリペプチドは、配列番号１３６のポリペプチドにおける同類置換の代表的な例であって、それぞれ、配列番号１４２〜１４６のヌクレオチド配列によってコードされる。]
[0177] 配列番号１３５および１４２〜１４６のヌクレオチド配列は、当該分野において標準的技術を使用して、発現ベクター内に配置される。その後、該ベクターは、細菌性細胞等の細胞、あるいはＳｆ９細胞またはＣＨＯ細胞等の真核細胞に提供される。細胞内に存在する正常機構と連動して、配列番号１３５および１４２〜１４６を含むベクターは、配列番号１３６および１４７〜１５１のポリペプチドを産生する。その後、配列番号１３６および１４７〜１５１のポリペプチドは、単離および／または精製される。]
[0178] 配列番号１３６および１４７〜１５１の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基によって攻撃誘発される。配列番号１３６および１４７〜１５１の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基の少なくとも部分的な分解、開裂、および／または除去における活性を有するものとして示される。]
[0179] 実施例１８：ＲＡＡＣ０４３４２の産生および精製
配列番号１３５のヌクレオチド配列を、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスからクローン化した。配列番号１３５は、配列番号１３６のポリペプチドをコードする。配列番号１３５は、Ｅ．ｃｏｌｉのためのｐＢＡＤ／ＨＩＳ Ａ発現ベクターおよびＰ． ｐａｓｔｏｒｉｓのためのｐＰＩＣ６αＡ発現ベクターにクローン化し、コンピテント細胞のＥ．ｃｏｌｉおよびＰ． ｐａｓｔｏｒｉｓ内に、それぞれ、エレクトロポレーションおよび熱衝撃を介して、導入した。配列番号１３６の発現は、配列番号１３５を含む形質転換Ｅ．ｃｏｌｉおよびＰ． ｐａｓｔｏｒｉｓの両方から検出し、ＲＡＡＣ０４３４２は、コバルト樹脂を使用して、活性試験のためにこれらの源から親和性精製した。]
[0180] 実施例１９：ＲＡＡＣ０４３４３：セルラーゼ／エンドグルカナーゼＭ
配列番号１５２で提供されるのは、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスから単離された、配列番号１５３のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列である。図１０Ａおよび１０Ｂにおいて分かるように、配列番号１５３は、セルラーゼ／エンドグルカナーゼＭとして同定された他のタンパク質と十分に整合する。特に重要なこととして、アミノ酸が他のセルラーゼ／エンドグルカナーゼＭ内に保存される場合、それらのアミノ酸が、概して、配列番号１５３内に保存されることに留意されたい。したがって、配列番号１５３内に提供されるポリペプチドは、セルロース／エンドグルカナーゼＭとして適切に分類される。] 図１０Ａ
[0181] 配列番号１６２〜１６６のポリペプチドは、配列番号１５３のポリペプチドにおける同類置換の代表的な例であって、それぞれ、配列番号１５７〜１６１のヌクレオチド配列によってコードされる。]
[0182] 配列番号１５２および１５７〜１６１のヌクレオチド配列は、当該分野における標準的技術を使用して、発現ベクター内に配置される。その後、該ベクターは、細菌性細胞等の細胞、あるいはＳｆ９細胞またはＣＨＯ細胞等の真核細胞に提供される。細胞内に存在する正常機構と連動して、配列番号１５２および１５７〜１６１を含むベクターは、配列番号１５３および１６２〜１６６のポリペプチドを産生する。その後、配列番号１５３および１６２〜１６６のポリペプチドは、単離および／または精製される。その後、配列番号１５３および１６２〜１６６の単離および／または精製されたポリペプチドは、セルラーゼ／エンドグルカナーゼＭとしての活性を有するものとして示される。]
[0183] 配列番号１５３および１６２〜１６６の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基によって攻撃誘発される。配列番号１５３および１６２〜１６６の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基の少なくとも部分的な分解、開裂、および／または除去における活性を有するものとして示される。]
[0184] 実施例２０：ＲＡＡＣ０４３４３の産生
配列番号１５２のヌクレオチド配列を、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスからクローン化した。配列番号１５２は、配列番号１５３のポリペプチドをコードする。配列番号１５２は、Ｅ．ｃｏｌｉのためのｐＢＡＤ／ＨＩＳ Ａ発現ベクターおよびＰ． ｐａｓｔｏｒｉｓのためのｐＰＩＣ６αＡ発現ベクターにクローン化し、コンピテント細胞のＥ．ｃｏｌｉおよびＰ． ｐａｓｔｏｒｉｓ内に、それぞれ、エレクトロポレーションおよび熱衝撃を介して、導入した。配列番号１５３の発現は、配列番号１５２を含む形質転換Ｅ．ｃｏｌｉおよびＰ．ｐａｓｔｏｒｉｓの両方から検出した。]
[0185] 実施例２１：ＲＡＡＣ０１２７５：ポリガラクツロナーゼ
配列番号１６７で提供されるのは、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスから単離された、配列番号１６８のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列である。図１１Ａ〜１１Ｃにおいて分かるように、配列番号１６８は、ポリガラクツロナーゼとして同定された他のタンパク質と十分に整合する。特に重要なこととして、アミノ酸が他のポリガラクツロナーゼ内に保存される場合、それらのアミノ酸が、概して、配列番号１６８内に保存されることに留意されたい。したがって、配列番号１６８内に提供されるポリペプチドは、ポリガラクツロナーゼとして適切に分類される。] 図１１Ａ 図１１Ｂ 図１１Ｃ
[0186] 配列番号１７９〜１８３のポリペプチドは、配列番号１６８のポリペプチドにおける同類置換の代表的な例であって、それぞれ、配列番号１７４〜１７８のヌクレオチド配列によってコードされる。]
[0187] 配列番号１６７および１７４〜１７８のヌクレオチド配列は、当該分野における標準的技術を使用して、発現ベクター内に配置される。その後、該ベクターは、細菌性細胞等の細胞、あるいはＳｆ９細胞またはＣＨＯ細胞等の真核細胞に提供される。細胞内に存在する正常機構と連動して、配列番号１６７および１７４〜１７８を含むベクターは、配列番号１６８および１７９〜１８３のポリペプチドを産生する。その後、配列番号１６８および１７９〜１８３のポリペプチドは、単離および／または精製される。その後、配列番号１６８および１７９〜１８３の単離および／または精製されたポリペプチドは、ポリガラクツロナーゼとしての活性を有するものとして示される。]
[0188] 配列番号１６８および１７９〜１８３の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基によって攻撃誘発される。配列番号１６８および１７９〜１８３の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基の少なくとも部分的な分解、開裂、および／または除去における活性を有するものとして示される。]
[0189] 実施例２２：ＲＡＡＣ０１６１５：α−ガラクトシダーゼ
配列番号１８４で提供されるのは、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスから単離された、配列番号１８５のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列である。図１２Ａ〜１２Ｃにおいて分かるように、配列番号１８５は、α−ガラクトシダーゼとして同定された他のタンパク質と十分に整合する。特に重要なこととして、アミノ酸が他のα−ガラクトシダーゼ内に保存される場合、それらのアミノ酸が、概して、配列番号１８５内に保存されることに留意されたい。したがって、配列番号１８５内に提供されるポリペプチドは、α−ガラクトシダーゼとして適切に分類される。] 図１２Ａ 図１２Ｂ 図１２Ｃ
[0190] 配列番号１９６〜２００のポリペプチドは、配列番号１８５のポリペプチドにおける同類置換の代表的な例であって、それぞれ、配列番号１９１〜１９５のヌクレオチド配列によってコードされる。]
[0191] 配列番号１８４および１９１〜１９５のヌクレオチド配列は、当該分野における標準的技術を使用して、発現ベクター内に配置される。その後、該ベクターは、細菌性細胞等の細胞、あるいはＳｆ９細胞またはＣＨＯ細胞等の真核細胞に提供される。細胞内に存在する正常機構と連動して、配列番号１８４および１９１〜１９５を含むベクターは、配列番号１８５および１９６〜２００のポリペプチドを産生する。その後、配列番号１８５および１９６〜２００のポリペプチドは、単離および／または精製される。その後、配列番号１８５および１９６〜２００の単離および／または精製されたポリペプチドは、α−ガラクトシダーゼとしての活性を有するものとして示される。]
[0192] 配列番号１８５および１９６〜２００の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基によって攻撃誘発される。配列番号１８５および１９６〜２００の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基の少なくとも部分的な分解、開裂、および／または除去における活性を有するものとして示される。]
[0193] 実施例２３：ＲＡＡＣ０１６２１：セロビオースホスホリラーゼ
配列番号２０１で提供されるのは、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスから単離された、配列番号２０２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列である。図１３Ａ〜１３Ｋにおいて分かるように、配列番号２０２は、セロビオースホスホリラーゼとして同定された他のタンパク質と十分に整合する。特に重要なこととして、アミノ酸が他のセロビオースホスホリラーゼ内に保存される場合、それらのアミノ酸が、概して、配列番号２０２内に保存されることに留意されたい。したがって、配列番号２０２内に提供されるポリペプチドは、セロビオースホスホリラーゼとして適切に分類される。] 図１３Ａ 図１３Ｂ 図１３Ｃ 図１３Ｄ 図１３Ｅ 図１３Ｆ 図１３Ｇ 図１３Ｈ 図１３Ｉ 図１３Ｊ
[0194] 配列番号２１３〜２１７のポリペプチドは、配列番号２０２のポリペプチドにおける同類置換の代表的な例であって、それぞれ、配列番号２０８〜２１２のヌクレオチド配列によってコードされる。]
[0195] 配列番号２０１および２０８〜２１２のヌクレオチド配列は、当該分野における標準的技術を使用して、発現ベクター内に配置される。その後、該ベクターは、細菌性細胞等の細胞、あるいはＳｆ９細胞またはＣＨＯ細胞等の真核細胞に提供される。細胞内に存在する正常機構と連動して、配列番号２０１および２０８〜２１２を含むベクターは、配列番号２０２および２１３〜２１７のポリペプチドを産生する。その後、配列番号２０２および２１３〜２１７のポリペプチドは、単離および／または精製される。その後、配列番号２０２および２１３〜２１７の単離および／または精製されたポリペプチドは、セロビオースホスホリラーゼとしての活性を有するものとして示される。]
[0196] 配列番号２０２および２１３〜２１７の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基によって攻撃誘発される。配列番号２０２および２１３〜２１７の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基の少なくとも部分的な分解、開裂、および／または除去における活性を有するものとして示される。]
[0197] 実施例２４：ＲＡＡＣ０１７５５
配列番号２１８で提供されるのは、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスから単離された、配列番号２１９のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列である。図１４Ａ〜１４Ｃにおいて分かるように、配列番号２１９は、グリコーゲン脱分枝酵素として同定されたタンパク質と十分に整合する。特に重要なこととして、アミノ酸が他のグリコーゲン脱分枝酵素内に保存される場合、それらのアミノ酸が、概して、配列番号２１９内に保存されることに留意されたい。] 図１４Ａ 図１４Ｂ 図１４Ｃ
[0198] 配列番号２３０〜２３４のポリペプチドは、配列番号２１９のポリペプチドにおける同類置換の代表的な例であって、それぞれ、配列番号２２５〜２２９のヌクレオチド配列によってコードされる。]
[0199] 配列番号２１８および２２５〜２２９のヌクレオチド配列は、当該分野における標準的技術を使用して、発現ベクター内に配置される。その後、該ベクターは、細菌性細胞等の細胞、あるいはＳｆ９細胞またはＣＨＯ細胞等の真核細胞に提供される。細胞内に存在する正常機構と連動して、配列番号２１８および２２５〜２２９を含むベクターは、配列番号２１９および２３０〜２３４のポリペプチドを産生する。その後、配列番号２１９および２３０〜２３４のポリペプチドは、単離および／または精製される。その後、配列番号２１９および２３０〜２３４の単離および／または精製されたポリペプチドは、活性を有するものとして示される。]
[0200] 配列番号２１９および２３０〜２３４の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基によって攻撃誘発される。配列番号２１９および２３０〜２３４の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基の少なくとも部分的な分解、開裂、および／または除去における活性を有するものとして示される。]
[0201] 実施例２５：ＲＡＡＣ０１７５５(α−グルコシダーゼ)の産生および精製
配列番号２１８のヌクレオチド配列を、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスからクローン化した。配列番号２１８は、配列番号２１９のポリペプチドをコードする。配列番号２１８は、Ｅ．ｃｏｌｉのためのｐＢＡＤ／ＨＩＳ Ａ発現ベクターおよびＰ． ｐａｓｔｏｒｉｓのためのｐＰＩＣ６αＡ発現ベクターにクローン化し、コンピテント細胞のＥ．ｃｏｌｉおよびＰ． ｐａｓｔｏｒｉｓ内に、それぞれ、エレクトロポレーションおよび熱衝撃を介して、導入した。配列番号２１９の発現は、配列番号２１８を含む形質転換Ｅ．ｃｏｌｉおよびＰ． ｐａｓｔｏｒｉｓの両方から検出し、ＲＡＡＣ０１７５５は、コバルト樹脂を使用して、活性試験のためにこれらの源から親和性精製した。]
[0202] 実施例２６：ＲＡＡＣ０１８８７：セルラーゼ／エンドグルカナーゼＭ
配列番号２３５で提供されるのは、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスから単離された、配列番号２３６のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列である。図１５Ａおよび１５Ｂにおいて分かるように、配列番号２３６は、セルラーゼ／エンドグルカナーゼＭとして同定された他のタンパク質と十分に整合する。特に重要なこととして、アミノ酸が他のセルラーゼ／エンドグルカナーゼＭ内に保存される場合、それらのアミノ酸が、概して、配列番号２３６内に保存されることに留意されたい。したがって、配列番号２３６内に提供されるポリペプチドは、セルラーゼ／エンドグルカナーゼＭとして適切に分類される。] 図１５Ａ
[0203] 配列番号２４７〜２５１のポリペプチドは、配列番号２３６のポリペプチドにおける同類置換の代表的な例であって、それぞれ、配列番号２４２〜２４６のヌクレオチド配列によってコードされる。]
[0204] 配列番号２３５および２４２〜２４６のヌクレオチド配列は、当該分野における標準的技術を使用して、発現ベクター内に配置される。その後、該ベクターは、細菌性細胞等の細胞、あるいはＳｆ９細胞またはＣＨＯ細胞等の真核細胞に提供される。細胞内に存在する正常機構と連動して、配列番号２３５および２４２〜２４６を含むベクターは、配列番号２３６および２４７〜２５１のポリペプチドを産生する。その後、配列番号２３６および２４７〜２５１のポリペプチドは、単離および／または精製される。その後、配列番号２３６および２４７〜２５１の単離および／または精製されたポリペプチドは、セルラーゼ／エンドグルカナーゼＭとしての活性を有するものとして示される。]
[0205] 配列番号２３６および２４７〜２５１の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基によって攻撃誘発される。配列番号２３６および２４７〜２５１の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基の少なくとも部分的な分解、開裂、および／または除去における活性を有するものとして示される。]
[0206] 実施例２７：ＲＡＡＣ０１８８７の産生
配列番号２３５のヌクレオチド配列を、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスからクローン化した。配列番号２３５は、配列番号２３６のポリペプチドをコードする。配列番号２３５は、Ｅ．ｃｏｌｉのためのｐＢＡＤ／ＨＩＳ Ａ発現ベクターおよびＰ． ｐａｓｔｏｒｉｓのためのｐＰＩＣ６αＡ発現ベクターにクローン化し、コンピテント細胞のＥ．ｃｏｌｉおよびＰ．ｐａｓｔｏｒｉｓ内に、それぞれ、エレクトロポレーションおよび熱衝撃を介して、導入した。配列番号２３６の発現は、配列番号２３５を含む形質転換Ｅ．ｃｏｌｉおよびＰ．ｐａｓｔｏｒｉｓの両方から検出した。]
[0207] 実施例２８：ＲＡＡＣ０１８９７：アセチルエステラーゼ／アセチルヒドロラーゼ
配列番号２５２で提供されるのは、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスから単離された、配列番号２５３のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列である。図１６Ａおよび１６Ｂにおいて分かるように、配列番号２５３は、アセチルエステラーゼ／アセチルヒドロラーゼとして同定された他のタンパク質と十分に整合する。特に重要なこととして、アミノ酸が他のアセチルエステラーゼ／アセチルヒドロラーゼ内に保存される場合、それらのアミノ酸が、概して、配列番号２５３内に保存されることに留意されたい。したがって、配列番号２５３内に提供されるポリペプチドは、アセチルエステラーゼ／アセチルヒドロラーゼとして適切に分類される。] 図１６Ａ
[0208] 配列番号２６４〜２６８のポリペプチドは、配列番号２５３のポリペプチドにおける同類置換の代表的な例であって、それぞれ、配列番号２５９〜２６３のヌクレオチド配列によってコードされる。]
[0209] 配列番号２５２および２５９〜２６３のヌクレオチド配列は、当該分野における標準的技術を使用して、発現ベクター内に配置される。その後、該ベクターは、細菌性細胞等の細胞、あるいはＳｆ９細胞またはＣＨＯ細胞等の真核細胞に提供される。細胞内に存在する正常機構と連動して、配列番号２５２および２５９〜２６３を含むベクターは、配列番号２５３および２６４〜２６８のポリペプチドを産生する。その後、配列番号２５３および２６４〜２６８のポリペプチドは、単離および／または精製される。その後、配列番号２５３および２６４〜２６８の単離および／または精製されたポリペプチドは、アセチルエステラーゼ／アセチルヒドロラーゼとしての活性を有するものとして示される。]
[0210] 配列番号２５３および２６４〜２６８の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基によって攻撃誘発される。配列番号２５３および２６４〜２６８の単離および／または精製されたポリペプチドは、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基の少なくとも部分的な分解、開裂、および／または除去における活性を有するものとして示される。]
[0211] 実施例２９：ＲＡＡＣ０１９１７：β−１，４−キシラナーゼ
配列番号２６９で提供されるのは、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスから単離された、配列番号２７０のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列である。図１７Ａおよび１７Ｂにおいて分かるように、配列番号２７０は、β−１，４−キシラナーゼとして同定された他のタンパク質と十分に整合する。特に重要なこととして、アミノ酸が他のβ−１，４−キシラナーゼ内に保存される場合、それらのアミノ酸が、概して、配列番号２７０内に保存されることに留意されたい。したがって、配列番号２７０内に提供されるポリペプチドは、β−１，４−キシラナーゼとして適切に分類される。] 図１７Ａ
[0212] 配列番号２８１〜２８５のポリペプチドは、配列番号２７０のポリペプチドにおける同類置換の代表的な例であって、それぞれ、配列番号２７６〜２８０のヌクレオチド配列によってコードされる。]

权利要求:

請求項1
配列番号６９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択されるポリペプチドをコードする核酸配列を含む、単離または精製された核酸配列。
請求項2
前記ポリペプチドが、約ｐＨ７以下で酵素活性を有する、請求項１に記載の単離または精製された核酸配列。
請求項3
前記ポリペプチドが、摂氏約５０度以上の温度で酵素活性を有する、請求項１に記載の単離または精製された核酸配列。
請求項4
前記核酸配列が、ベクター中に存在する、請求項１に記載の単離または精製された核酸配列。
請求項5
配列番号６９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択されるポリペプチドを含む、単離または精製されたポリペプチド。
請求項6
前記ポリペプチドが、約ｐＨ７以下で酵素活性を有する、請求項５に記載の単離または精製されたポリペプチド。
請求項7
前記ポリペプチドが、摂氏約５０度以上の温度で酵素活性を有する、請求項５に記載の単離または精製されたポリペプチド。
請求項8
前記ポリペプチドが、グリコシル化、ペグ化、または別様に翻訳後に修飾される、請求項５に記載の単離または精製されたポリペプチド。
請求項9
前記ポリペプチドが、アラビノフラノシダーゼとしての活性を有する、請求項５に記載の単離または精製されたポリペプチド。
請求項10
アラビノフラノシド、アラビノキシラン、またはキシランを少なくとも部分的に分解または開裂する方法であって、配列番号６９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択されるポリペプチドをアラビノフラノシド、アラビノキシラン、またはキシランと流体接触させるステップを含む、方法。
請求項11
配列番号６９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択されるポリペプチドをアラビノフラノシド、アラビノキシラン、またはキシランと流体接触させるステップが、約ｐＨ４以下で生じる、請求項１０に記載の方法。
請求項12
配列番号６９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択されるポリペプチドをアラビノフラノシド、アラビノキシラン、またはキシランと流体接触させるステップが、摂氏５０度以上の温度で生じる、請求項１０に記載の方法。
請求項13
前記ポリペプチドが、グリコシル化、ペグ化、または別様に翻訳後に修飾される、請求項１０に記載の方法。
請求項14
前記ポリペプチドが、アラビノフラノシダーゼ活性を有する、請求項１０に記載の方法。
請求項15
配列番号２、１９、５２、６９、８６、１０２、１１９、１３６、１５３、１６８、１８５、２０２、２１９、２３６、２５３、２７０、２８７、３０４、３２１、３３７、３５４、３７１、３８８、４０５、４２２、および４３９に対して少なくとも９０％の配列同一性、配列番号４６２に対して少なくとも９３％の配列同一性、配列番号３６に対して少なくとも９４％の配列同一性、配列番号４６０に対して少なくとも９６％の配列同一性、配列番号４６４に対して少なくとも９９％の配列同一性、配列番号４５８に対して少なくとも９９．６％の配列同一性、ならびに配列番号４５６に対して少なくとも９９．７％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択されるポリペプチドをコードする核酸配列を含む、単離または精製された核酸配列。
請求項16
前記ポリペプチドが、約ｐＨ７以下で酵素活性を有する、請求項１５に記載の単離または精製された核酸配列。
請求項17
前記ポリペプチドが、約５０℃以上の温度で酵素活性を有する、請求項１５に記載の単離または精製された核酸配列。
請求項18
前記核酸配列が、ベクター中に存在する、請求項１５に記載の単離または精製された核酸配列。
請求項19
配列番号２、１９、５２、６９、８６、１０２、１１９、１３６、１５３、１６８、１８５、２０２、２１９、２３６、２５３、２７０、２８７、３０４、３２１、３３７、３５４、３７１、３８８、４０５、４２２、および４３９に対して少なくとも９０％の配列同一性、配列番号４６２に対して少なくとも９３％の配列同一性、配列番号３６に対して少なくとも９４％の配列同一性、配列番号４６０に対して少なくとも９６％の配列同一性、配列番号４６４に対して少なくとも９９％の配列同一性、配列番号４５８に対して少なくとも９９．６％の配列同一性、ならびに配列番号４５６に対して少なくとも９９．７％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択されるポリペプチドを含む、単離または精製されたポリペプチド。
請求項20
前記ポリペプチドが、約ｐＨ７以下で酵素活性を有する、請求項１９に記載の単離または精製されたポリペプチド。
請求項21
前記ポリペプチドが、約５０℃以上の温度で酵素活性を有する、請求項１９に記載の単離または精製されたポリペプチド。
請求項22
前記ポリペプチドが、グリコシル化、ペグ化、または別様に翻訳後に修飾される、請求項１９に記載の単離または精製されたポリペプチド。
請求項23
前記ポリペプチドが、αβヒドロラーゼ、α−グルコシダーゼ、グルカン１，４−α−マルトヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、アミラーゼ、アセチルエステラーゼ、β−ガラクトシダーゼ、αアミラーゼ、アセチルエステラーゼ、α−キシロシダーゼ、シクロマルトデキストリナーゼ、ネオプルラナーゼ、マルトース生成α−アミラーゼ、グリコシルヒドロラーゼのファミリー３１、α−Ｌ−アラビノフラノシダーゼ、細胞壁ヒドロラーゼ、アルトロナート（Ａｌｔｒｏｎａｔｅ）ヒドロラーゼ、ポリ−１，４−α−Ｄ−ガラクツロニド、キシランα−１，２−グルクロノシダーゼ、セルラーゼ／エンドグルカナーゼＭ、ポリガラクツロナーゼ、グリコシルヒドロラーゼ、ペプチドグリカンヒドロラーゼ、Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼ、エンドキチナーゼ、α−ガラクトシダーゼ、エンド−β−１，４−マンナナーゼ、セロビオースホスホリラーゼ、環状β−１，２−グルカンシンターゼ、グリコーゲン脱分枝酵素、アセチルヒドロラーゼ、β−１，４−キシラナーゼ、β−グルコシダーゼ、６−ホスホ−β−グルコシダーゼ、シンナモイルエステルヒドロラーゼ、β−グルクロニダーゼ、キシランα−１，２−グルクロノシダーゼ、３−ヒドロキシイソブチリル−ＣｏＡヒドロラーゼ、β−グルコシダーゼＢ−関連グリコシダーゼ、および／またはキトオリゴ糖デアセチラーゼ活性から成る群より選択される酵素活性を有する、請求項１９に記載の単離または精された製ポリペプチド。
請求項24
多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、またはマンナン−装飾基を少なくとも部分的に分解、開裂、または除去する方法であって、配列番号２、１９、５２、６９、８６、１０２、１１９、１３６、１５３、１６８、１８５、２０２、２１９、２３６、２５３、２７０、２８７、３０４、３２１、３３７、３５４、３７１、３８８、４０５、４２２、および４３９に対して少なくとも９０％の配列同一性、配列番号４６２に対して少なくとも９３％の配列同一性、配列番号３６に対して少なくとも９４％の配列同一性、配列番号４６０に対して少なくとも９６％の配列同一性、配列番号４６４に対して少なくとも９９％の配列同一性、配列番号４５８に対して少なくとも９９．６％の配列同一性、ならびに配列番号４５６に対して少なくとも９９．７％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択されるポリペプチドを、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基と流体接触させるステップを含む、方法。
請求項25
配列番号２、１９、５２、６９、８６、１０２、１１９、１３６、１５３、１６８、１８５、２０２、２１９、２３６、２５３、２７０、２８７、３０４、３２１、３３７、３５４、３７１、３８８、４０５、４２２、および４３９に対して少なくとも９０％の配列同一性、配列番号４６２に対して少なくとも９３％の配列同一性、配列番号３６に対して少なくとも９４％の配列同一性、配列番号４６０に対して少なくとも９６％の配列同一性、配列番号４６４に対して少なくとも９９％の配列同一性、配列番号４５８に対して少なくとも９９．６％の配列同一性、ならびに配列番号４５６に対して少なくとも９９．７％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択されるポリペプチドを、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基と流体接触させるステップが、約ｐＨ４以下で生じる、請求項２４に記載の方法。
請求項26
配列番号２、１９、５２、６９、８６、１０２、１１９、１３６、１５３、１６８、１８５、２０２、２１９、２３６、２５３、２７０、２８７、３０４、３２１、３３７、３５４、３７１、３８８、４０５、４２２、および４３９に対して少なくとも９０％の配列同一性、配列番号４６２に対して少なくとも９３％の配列同一性、配列番号３６に対して少なくとも９４％の配列同一性、配列番号４６０に対して少なくとも９６％の配列同一性、配列番号４６４に対して少なくとも９９％の配列同一性、配列番号４５８に対して少なくとも９９．６％の配列同一性、ならびに配列番号４５６に対して少なくとも９９．７％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択されるポリペプチドを、多糖類、リグノセルロース、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、デンプン、キチン、ポリヒドロキシブチレート、ヘテロキシラン、グリコシド、キシラン−装飾基、グルカン−装飾基、ガラクタン−装飾基、および／またはマンナン−装飾基と流体接触させるステップが、７０℃以上の温度で生じる、請求項２４に記載の方法。
請求項27
前記ポリペプチドが、グリコシル化、ペグ化、または別様に翻訳後に修飾される、請求項２４に記載の方法。
請求項28
前記ポリペプチドが、αβヒドロラーゼ、α−グルコシダーゼ、グルカン１，４−α−マルトヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、アミラーゼ、アセチルエステラーゼ、β−ガラクトシダーゼ、αアミラーゼ、アセチルエステラーゼ、α−キシロシダーゼ、シクロマルトデキストリナーゼ、ネオプルラナーゼ、マルトース生成α−アミラーゼ、グリコシルヒドロラーゼのファミリー３１、α−Ｌ−アラビノフラノシダーゼ、細胞壁ヒドロラーゼ、アルトロナート（Ａｌｔｒｏｎａｔｅ）ヒドロラーゼ、ポリ−１，４−α−Ｄ−ガラクツロニド、キシランα−１，２−グルクロノシダーゼ、セルラーゼ／エンドグルカナーゼＭ、ポリガラクツロナーゼ、グリコシルヒドロラーゼ、ペプチドグリカンヒドロラーゼ、Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼ、エンドキチナーゼ、α−ガラクトシダーゼ、エンド−β−１，４−マンナナーゼ、セロビオースホスホリラーゼ、環状β−１，２−グルカンシンターゼ、グリコーゲン脱分枝酵素、アセチルヒドロラーゼ、β−１，４−キシラナーゼ、β−グルコシダーゼ、６−ホスホ−β−グルコシダーゼ、シンナモイルエステルヒドロラーゼ、β−グルクロニダーゼ、キシランα−１，２−グルクロノシダーゼ、３−ヒドロキシイソブチリル−ＣｏＡヒドロラーゼ、β−グルコシダーゼＢ−関連グリコシダーゼ、および／またはキトオリゴ糖デアセチラーゼ活性から成る群より選択される酵素活性を有する、請求項２４に記載の方法。